6月3日 我国内地新增9例甲型H1N1流感确诊病例。福建5例（两例二代），广东4例。 6月4日 应对甲型H1N1流感防控科技组在京召开流感疫苗技术创新联盟成立大会，科技组成员单位的代表、战略联盟参与单位的代表出席会议，科技组组长、科技部部长万钢出席并讲话。战略联盟将在我国流感疫情的防控和流感疫苗的研发、生产、储备中发挥关键作用。
我国内地新增3例甲型H1N1流感确诊病例。北京、山西（首例）、湖北各1例。
6月5日
卫生部通报，广东报告5例输入性甲型H1N1流感确诊病例；上海报告1例输入性甲型H1N1流感确诊病例。
6月6日
我国内地新增5例甲型H1N1流感确诊病例。广东、四川、湖北各1 例,北京2例。
6月7日
卫生部通报，我国内地新增8例甲型H1N1流感确诊病例。北京3例，四川（二代）、上海各两例，福建1例。
6月8日
国家食品药品监管局药品注册司生物制品处处长尹红章在该局例行新闻发布会上说，我国有11家流感疫苗生产企业，无论是否具备大流行流感疫苗生产资质，均可申请甲型H1N1流感疫苗的研制与生产。
卫生部通报，6月8日零时至18时，四川报告6例甲型H1N1流感输入性二代确诊病例；福建、上海、广东各报告1例甲型H1N1流感输入性确诊病例。
6月9日
卫生部通报，北京新增8例甲型H1N1流感输入性确诊病例；山东、湖南、天津（首例）各新增1例甲型H1N1流感输入性确诊病例；福建新增1例甲型H1N1流感输入性二代确诊病例。
6月10日
人民日报报道：卫生部部长陈竺日前应约与世界卫生组织总干事陈冯富珍通电话，就甲型H1N1流感流行防控交换意见。
陈竺通报了我国甲型H1N1流感防控情况。他指出，目前，我国内地报告确诊病例数已超过100例，其中90%为输入病例，10%为二代病例。所有病例均能追踪到明确的传染源，疫情在可控范围内。实践证明，我国采取的防控措施是可行、有效和符合成本效益的，对社会稳定起到了重要作用。他感谢在世卫组织支持下，中国疾病预防控制中心和部分企业已经获得甲型H1N1流感疫苗种子株。中国已将疫苗研发生产企业和单位组织起来，将极大地提高疫苗产量，有效应对甲型H1N1流感第二波疫情。
陈冯富珍表示，近期全球甲型H1N1流感疫情进一步发展，世卫组织将发布防控措施建议，各国要根据本国具体情况，对防控措施给予必要的调整，争取公众的理解和支持。
人民日报报道：继北京、广东之后，上海市公共卫生临床中心日前也成功分离了两株甲型H1N1流感病毒，并完成了病毒全基因组的PCR扩增和序列测定，为今后开展诊断试剂、疫苗、分子流行病学、药物开发和传播机制等相关研究提供了基础。
卫生部通报，我国内地报告10例甲型H1N1流感确诊病例。其中，广东新增3例，上海2例，北京、山东、福建各新增1例输入性确诊病例；湖北、北京各新增1例甲型H1N1流感输入性二代确诊病例。
香港特区卫生署宣布，新增4例甲型H1N1流感确诊病例，其中，一名55岁男患者成为香港本地首次出现的二代病例。至此，香港一共发现49例甲型H1N1流感病例。
6月11日
世界卫生组织宣布将甲型H1N1流感疫情的警戒级别升至最高级6级。世界卫生组织驻华代表韩卓升博士强调，大流行警戒系统反映了病毒传播的地理范围，而不是指明疾病的严重程度，到目前为止，北美之外病例的病情都是为轻度至中度的。
卫生部通报，6月10日18时至6月11日18时，我国内地报告14例甲型H1N1流感确诊病例。其中，北京报告4例，广东报告4例，福建报告2例，天津报告2例，四川、浙江各报告1例确诊病例。
记者从香港特区卫生署获悉，香港新增14例甲型H1N1流感确诊病例，其中11名患者来自铜锣湾圣保禄学校，另外3名患者分别由美国、欧洲来港。至此，香港累计报告甲型H1N1确诊病例63例。
香港特区行政长官曾荫权表示，铜锣湾圣保禄学校感染甲型H1N1流感的学生都没有离港记录，病因尚未查明，这表明香港本地集体感染病例已经出现。按照预定计划，香港所有小学、幼儿园及特殊学校12日起停课两周。
6月12日
中共中央政治局常委、国务院副总理李克强主持召开甲型H1N1流感联防联控工作会议。会议首先传达了胡锦涛总书记、温家宝总理重要指示精神。李克强在会上讲话时强调，要认真贯彻党中央国务院的决策部署，从我国国情出发，采取符合实际的应对方针，坚持和完善行之有效的防控措施，依法科学、公开透明地做好防控工作，保障人民群众身体健康，保证正常生产生活，保持社会和谐稳定。
在听取联防联控机制有关单位汇报和专家意见后，李克强指出，当前境外疫情还在发展，世界卫生组织将流感流行预警提升到最高级别，近日我国内地输入性病例增加较快。在这种情况下，要继续把防控工作纳入常态化和程序化，在保持现行防控措施的基础上，加强重点防控，减少二代病例，防范社区传播，提高重症病例救治能力，加快疫苗和抗病毒药物研制生产，为防范未来疫情变化做好准备。我国人口多、密度大、居住集中，基层医疗卫生设施落后，疾病防控能力薄弱，要从实际出发考虑问题，积极主动地采取防控措施。应当指出，甲型流感仍然是可防可控可治的，要本着对人民高度负责的精神，保持应有的警惕，科学应对，避免不必要的恐慌，落实早发现、早报告、早诊断、早治疗的措施，提高科学防控能力，维护社会生产生活秩序和群众正常出行。
国务委员兼国务院秘书长马凯出席会议。
会上，卫生部负责人代表联防联控工作机制作了关于世卫组织流感预警级别提升到6级后完善我国疫情防控措施的汇报。有关部门负责人和专家代表发了言。
卫生部和世界卫生组织联合在京召开关于防控甲型H1N1流感疫情的新闻发布会。卫生部新闻发言人毛群安说，我国将进一步加强甲型H1N1流感防控工作。对于世卫组织提升预警级别问题，表示理解、支持和配合。我国将在坚持现行“外堵输入、内防扩散”策略的基础上，将“减少二代病例，严防社区传播，加强重症救治，应对疫情变化”作为现阶段防控工作的目标。
针对目前全球尤其是我国疫情发展变化的趋势，卫生部召开全国卫生系统的甲型H1N1流感防控工作视频会议，对防控工作再次进行全面动员和部署。
卫生部部长陈竺指出，随着疫情在全球的传播蔓延，我国输入性病例将不断增多，防控二代病例出现的压力越来越大。鉴于此次流感疫情表现出一些新的特征，特别是在气候转暖后疫情下降不明显，因此，在夏秋季节仍然存在甲型H1N1流感在我国出现大范围社区传播和局部暴发的潜在风险。
陈竺要求，地方各级卫生行政部门要牢固树立长期作战的思想准备，努力克服前阶段疫情防控工作累积下的疲劳感，杜绝麻痹懈怠心理，不遗余力地参与到疫情防控工作中。
卫生部通报，6月11日18时至6月12日18时，我国内地报告甲型H1N1流感确诊病例16例，其中北京报告4例，湖北、广东各报告2例，江西、贵州、海南、天津、上海、福建、浙江和四川各报告1例确诊病例。
6月13日
卫生部通报，6月12日18时至6月13日18时，我国内地报告甲型H1N1流感确诊病例24例，其中福建、广东各报告4例，上海、湖北、四川各报告3例，浙江、海南各报告2例，江苏、辽宁、北京各报告1例。
6月14日
我国内地报告甲型H1N1流感确诊病例30例，其中四川报告10例，福建、北京、广东各报告4例，湖北报告3例，浙江报告2例，湖南、山东、上海各报告1例。
6月15日
人民日报报道：自获得甲型H1N1流感疫苗生产用毒株后，我国多家疫苗生产企业立即投入到疫苗的研制和生产当中，部分企业已陆续开始正式投产。
我国内地新增甲型H1N1流感确诊病例31例，其中北京报告8例，福建、广东、上海各报告5例，贵州报告2例，四川、云南、山东、辽宁、湖北、浙江各报告1例确诊病例。
香港特区卫生防护中心公布，香港当天新增12例甲型H1N1流感确诊个案，其中，外地传入和本地个案各占一半。至此，香港累计确诊病例增至104例。
6月16日
卫生部通报，6月15日18时至6月16日18时，我国内地报告甲型H1N1流感确诊病例11例，其中，北京报告3例，福建、四川、天津各报告2例，广西、广东各报告1例确诊病例。据介绍，广西是首次发现甲感确诊病例，四川、天津病例中，各有一例二代病例。
6月17日
卫生部出台《社区甲型H1N1流感暴发流行控制工作方案（试行）》。方案指出，社区暴发时，要采取以传染源管理为主的综合性防控措施，减缓疫情传播、控制疫情蔓延。社区流行时，要对病例实行分类管理，采取以加强重症病例救治、降低病死率、减轻疫情危害为主的综合性防控措施。在社区暴发防控措施的基础上，发生甲感社区流行的地区重点做好娱乐场所停业、企事业单位轮休、学校停课等措施。
卫生部通报，6月16日18时至6月17日18时，我国内地报告甲型H1N1流感确诊病例27例，其中广东报告9例，上海报告8例，北京、广西、贵州、福建各报告2例，浙江、江苏各报告1例确诊病例。
台湾当局防疫机构发布消息，台湾新增3例甲型H1N1流感确诊病例，其中1例为本土感染。至此，全台甲型H1N1流感确诊病例累计已达58例。
6月18日
在此前增设167家全国流感监测哨点医院的基础上，卫生部下发通知，再增设天津市第一中心医院等202家医院为全国流感监测哨点医院。
同时，还增设天津市和平区卫生防病站等208家流感实验室为全国流感监测网络实验室。至此，全国流感监测哨点医院和网络实验室的数量分别达到566家和411家。
卫生部指出，增设监测哨点医院和流感实验室是为了尽快实现流感监测网络在地市级全面覆盖，掌握流感整体流行强度和发展趋势，及时发现并处置可能发生的甲型H1N1流感暴发疫情。
卫生部要求，中国疾病预防控制中心要立即组织开展对新增网络单位的师资培训，同时尽快向新增网络实验室分发甲型H1N1流感检测试剂；要加强对现有和新增流感网络实验室和哨点医院的指导和监管，做好监测方法标准化和质量控制工作。
卫生部通报，6月17日18时至6月18日18时，我国内地报告甲型H1N1流感确诊病例33例，其中，上海报告9例，广东报告7例，福建报告5例，北京报告4例，四川报告3例，辽宁报告2例，浙江、江苏、天津各报告1例确诊病例。
香港特区政府卫生署公布，香港当天新增49例甲型H1N1流感确诊病例。至此，香港甲型H1N1流感确诊病例增至221例。再有5所中学因有学生感染，次日起停课两周。
一名17日抵澳的菲律宾籍男子在澳门被确诊为甲型H1N1流感病例。这是澳门首例甲型H1N1流感确诊病例。
6月19日
卫生部通报，6月18日18时至6月19日18时，我国内地新增甲型H1N1流感确诊病例31例，其中广东报告10例，北京报告9例，上海报告5例，浙江、湖北各报告2例，福建、天津、重庆各报告1例。
6月20日
世卫组织驻华代表韩卓升博士说，甲型H1N1流感在中国内地的传播速度与前期相比确实有所加快，但仍处于“温和上升期”，中国政府迄今为止为防控流感所采取的一系列措施也是“积极有效的”。
卫生部通报，6月19日18时至6月20日18时，我国内地新增甲型H1N1流感确诊病例28例，其中，广东报告7例，北京报告6例，上海报告5例，浙江报告4例，江苏、福建各报告2例，海南、安徽各报告1例。
6月21日
卫生部通报，6月20日18时至6月21日18时，我国内地新增甲型H1N1流感确诊病例58例。其中，广东新增31例，上海新增11例，北京新增7例，福建新增5例，浙江、湖南、四川、河北各新增1例。
记者从广东省卫生厅获悉：当天，东莞市石排镇中心小学新增报告24例甲型H1N1流感确诊病例，至此，这所小学共报告甲型H1N1流感确诊病例30例。东莞市已宣布该校实施停课7天，对密切接触者实施隔离医学观察。
6月22日
教育部、卫生部组织专家制定了《学校甲型H1N1流感防控工作方案（试行）》，当天印发各地教育、卫生工作部门，各部属高校及中国疾病预防控制中心，要求各地各高校认真遵照执行。
华兰生物正式对外宣布已成功生产出国内首批甲型H1N1流感疫苗。该疫苗仍需经过一系列的生物、生化实验，在确保疫苗的安全性和有效性后，有望于9月正式上市。
卫生部通报，6月21日18时至6月22日18时，我国内地新增甲型H1N1流感确诊病例27例，其中，广东报告11例，上海报告6例，江苏、河北、辽宁各报告2例，浙江、湖南、天津、福建各报告1例。
广东省卫生厅通报，该省新增的11例甲型H1N1流感确诊病例中，又有7名东莞石排镇中心小学学生。至此，石排镇中心小学感染甲型H1N1流感确诊病例已达37例。
6月23日
卫生部通报，6月22日18时至6月23日18时，我国内地新增甲型H1N1流感确诊病例49例。其中，广东报告19例，上海报告7例，北京报告6例，福建、辽宁各报告4例，湖南报告2例，浙江、河南、四川、江苏、山东、河北、重庆各报告1例。
广东卫生厅通报，当天广东新增报告19例甲型H1N1流感确诊病例。其中，东莞市石排镇中心小学新增报告4例甲型H1N1流感病例，累计报告41例，全镇中小学和幼儿园从当天开始停课一周。
澳门特区政府卫生局宣布，澳门确诊首例本地甲型H1N1流感病例。截至目前，澳门已出现1例本地、7例输入性甲型H1N1流感病例。
针对澳门出现的首例本地甲型H1N1流感病例，特区政府流感预防应变协调中心决定将澳门应对流感戒备级别由第5级提升至最高的第6级。
6月24日
卫生部通报，6月23日18时至6月24日18时，我国内地新增甲型H1N1流感确诊病例38例。其中，广东报告15例，上海、北京各报告6例，福建、湖南、辽宁各报告2例，浙江、安徽、四川、江苏、吉林各报告1例。
广东省卫生厅通报，广东新增病例中，江门市发现一起学校甲型H1N1流感疫情，共有11名学生染病，均为江门蓬江区北郊中心小学六年级（4）班学生。从当天开始，这个学校停课一周。
6月25日
国家食品药品监管局局长邵明立在日前召开的视频会议上强调，对借预防甲型流感之名，生产销售假劣防控药械和流感疫苗的，要按照《关于办理生产、销售假药、劣药刑事案件具体应用法律若干问题的解释》，坚决移送公安机关，依法从重处罚。
卫生部通报，6月24日18时至6月25日18时，我国内地新增甲型H1N1流感确诊病例42例。其中，北京报告10例，广东报告7例，福建、江苏各报告6例，上海报告4例，山东报告3例，辽宁报告2例，安徽、四川、广西、河北各报告1例。
6月26日
卫生部通报，6月25日18时至6月26日18时，我国内地新增甲型H1N1流感确诊病例48例，其中，广东报告21例，上海报告5例，福建报告4例，北京、浙江、江苏、重庆各报告3例，湖南、四川各报告2例，湖北、陕西各报告1例。
香港进入甲型H1N1新流感疫情高峰期，香港政府再确诊90宗甲型H1N1病例，创单日最多件数，确诊病例也增至596宗。
6月27日
卫生部通报，6月26日18时至6月27日18时，我国内地新增甲型H1N1流感确诊病例60例，其中，广东报告30例，四川报告10例，上海报告7例，北京报告6例，浙江报告3例，福建报告2例，天津、广西各报告1例。
广东省卫生厅通报记者，当天广东新增报告30例甲型H1N1流感确诊病例，新增病例中分别有3起学校聚集性病例,分别为：佛山市三水区西南中心小学9例；广州市商贸职业学校6例；东莞市石排镇中心小学7例。
6月28日
卫生部通报，6月27日18时至6月28日18时，我国内地新增甲型H1N1流感确诊病例51例。其中，广东报告19例，北京、上海各报告8例，福建、广西、吉林各报告3例，江苏、山东各报告2例，浙江、河南、湖南各报告1例。
6月29日
卫生部、国家质检总局举行甲型H1N1流感防控新闻发布会。卫生部应急办公室副主任梁万年指出，我国将加强对全球和我国内地疫情形势的研判，根据甲型H1N1流感的致病力、传播力和我国卫生资源及防控能力现状，及时综合评估甲型H1N1流感对我国内地的社会危害性，并据此依法、科学、及时地调整防控策略与措施。
专家分析指出，当前我国疫情主要有以下几个特点：一是病例呈快速增加趋势。二是病例仍以输入性为主。截至6月28日，输入性病例占确诊病例总数的72.4%。三是病例多为青壮年（30岁以下占70%以上），所有病例临床症状均较轻。四是病原目前没有发现明显变异。
未来一段时间，我国输入性病例仍将不断出现。本地感染病例将进一步增加，聚集性发病或局部暴发已难以避免。随着我国病例数的增加，会波及高危人群和患有慢性基础性疾病者、孕妇等，极有可能出现重症或死亡病例。今年秋冬季出现甲型H1N1流感广泛传播或流行的可能性进一步加大。
下一阶段，我国将以“减少二代病例，严防社区传播，加强重症救治，应对疫情变化”为重点，加强学校、社区等场所的防控工作，强化疫情监测、重症病例救治，科学合理使用防控资源，做好各项工作准备。
卫生部通报，6月28日18时至6月29日18时，我国内地新增甲型H1N1流感确诊病例37例。其中，上海报告13例，广东、北京各报告7例，福建报告4例，重庆报告2例，天津、江苏、山东、海南各报告1例。
6月30日
卫生部通报，6月29日18时至6月30日18时，我国内地新增甲型H1N1流感确诊病例44例，其中，广东报告8例，北京报告7例，浙江报告6例，上海、福建、江苏各报告5例，辽宁、云南、湖北各报告2例，海南、河南各报告1例。至此，我国内地共报告810例甲型H1N1流感确诊病例，已治愈出院496例，313例在院接受治疗，1例居家隔离治疗。
香港特区卫生署通报，香港新增59例甲型H1N1流感确诊病例，至此，香港共报告785例人感染甲型H1N1流感病例。
澳门新增6宗甲型H1N1流感确诊个案。至此，澳门已有26宗确诊个案。
台湾“中央流行疫情指挥中心”发言人施文仪表示，台湾出现首件H1N1甲型流感群聚病例，7个病例是来台学习华语的青少年，四男三女，主要是华裔，年龄在10到20岁之间。这7名病例是在6月21日入境，25日发病，还在病毒潜伏期内，加上他们分别从美国、加拿大和香港来台，究竟是在台湾群聚感染，或是分别从不同国家或地区带来病毒，还在进行疫调中。
报道说，这起群聚事件，也是台湾自6月19日将H1N1甲型流感从第一类法定传染病降为第四类法定传染病以来，传出的甲型流感确诊病例，台湾H1N1甲型流感确诊病例也增加为68例。
（据6月4-30日《人民日报》和“政府网” ，7月1日《健康报》和“新华网”）