我国现行的证券税制结构是一种以证券交易印花税为主的间接税制模式，如何对我国目前的证券税制结构所存在的缺陷和问题进行改革，引发了众多学者的研究和探讨。
证券市场极为弱化的投资功能
任何市场，其最基本的功能有两种：一是互通有无；二是价格发现。即给交易对象定出价格以指导今后的交易。证券市场也不例外，证券市场的所谓互通有无实际上就是资金供需者之间的资金融通。证券市场的基本功能有两个：即融资功能和投资功能，从资金需求者(主要是企业)角度看，证券市场是其融资的场所，俗称融资功能。而从资金供给者(即投资者)角度看，证券市场是其获取投资收益的投资场所，俗称投资功能。资源的有效配置功能、分散风险功能、转换风险的功能等等，都是由这两个基本功能延伸而来的。
融资占据首位，基本功能错位
目前我国证券市场的投资功能仍然处于一个极为弱化的阶段。
在股权分置时代，证券市场更多地承担着为国企融资、解困的重任，并且通过高价首发、增发以及配股等方式把融资功能发挥到了极限，随着股权分置改革的顺利进行，股市逐渐进入崭新的全流通时代，这一制度创新无疑具有巨大的改革效应。遗憾的是，与股改相对应的、停止了一年多的新股发行也相继展开。融资规模不断扩大，融资速度也不断加快，在2006 年6月5日－7月31日，IPO 扩容406 亿，加上增发，将近1000亿，证券市场投机气氛相当浓厚，如中工国际上市首日的最大涨幅居然达到575%，大盘股扩容所引发的股市暴跌频繁发生。另外新股发行还有一个怪现象: 先确定融资额，询价后才确定發行额度。如在中行《招股意向书》中，中行的融资额不超过200 亿元，发行不超过100 亿股。但在确定了3.08 元的发行价后，其发行量缩减为64.94 亿股，但融资额没变。如此给市场的印象是公司上市都是为了“圈钱”，至于发行量无关紧要。上述种种迹象表明 ：在全流通时代，我国的证券市场依然把市场融资功能放在第一位，投资者的积极性受到严重打击，这对中国股市长远的发展极为不利。
证券市场应该成为投资者一个便捷、有效、可靠的投资场所，向资金拥有者提供一条将储蓄转化为投资的有效途径。只有具备投资功能，证券市场的融资能、改制功能才得以发挥，才会有投资者参与到证券市场进行投资活动。只有投机而无投资的证券市场是不可能健康发展的。成思危在谈到我国股市的“先天不足”时说道：“先天不足就是在制度设计上有缺陷，缺陷之一就是过去强调股市融资功能，而忽视了它的投资功能。”股权分置改革作为资本市场重大的制度性变革，其目的在于消除影响资本市场功能的制度性障碍，然而管理层的思路不改变，股权分置改革也将仅仅是历史的一个脚印而已，无法真正推动证券市场更充分地发挥投资功能。
不合理税收降低国际竞争力
我国证券二级市场的交易成本主要包括佣金和证券交易印花税，证券交易印花税目前按交易金额的0.3%实行双边征收，加上每次买卖约0.35%的固定佣金，投资者买卖一次股票的双向交易成本约为0.95%。
目前，中国股市投资者的税负可以说是全世界最高的：双向6‰的印花税，红股红利还要缴20%的所得税；而香港地区的股市印花税仅1‰(单向)、股息红利不缴税，美国、英国、加拿大等世界主要股市早已免征印花税。在大部分国家逐步取消证券交易印花税的趋势下，我国的证券交易税负明显高于发达国家和许多发展中国家证券市场的水平，严重削弱了证券市场吸引投资的能力。
证券市场在一定程度上是一个利益驱动市场，投资者的持续兴趣和源源不断的投资主要缘于有稳定、长期、持续性的比较满意的回报。这个回报率至少应当达到国债的回报率。股东回报水平主要来自上市公司的质量，体现在上市公司的赢利水平和持续稳定的发展能力。证券指数上涨与下跌最主要的原因是投资者对投资收益回报的预期，如果投资者的预期收益长期得不到回报，投资者就会出售股票，导致证券指数的持续下跌。数据显示，1991年至2004年，上市公司共融资15701亿元，但投资者从上市公司获取的收益却远小于此数，其中Ａ股市场给流通股股东的累计分红派息仅为750多亿元，平均每年投资收益率仅为0.34%，远远低于银行存款利息，使得资本市场对投资者的吸引力逐渐降低。
从现行税收制度的角度来看，我国对于个人取得的股息红利收入以全部所得按20%（目前减征为10％）计缴个人所得税，对股票转让所得免征个人所得税，机构投资者的证券收益则并入其全部所得照常计算，但股息红利所得可以计算税收扣除额。不难看出，一方面由于股息红利为上市公司税后利润分配所得，对个人取得的股息红利收入征收个人所得税，存在重复征税的问题；另一方面，对股票转让所得免征个人所得税，也使投资者对本来就不多的股息红利回报更加没有兴趣，转而关注于短期利益，无疑加剧了投资者的投机心理。
被忽视的债券市场融资功能
自20世纪90年代以来，我国证券市场取得了长足发展，成为筹集资金的一个重要渠道，另一方面，我国证券市场所发挥的融资功能呈现出偏向股票市场的特点。我国企业通过证券市场以债券或股票形式的融资额以及金融机构的贷款额比较。（见表1）
通过这组数据我们不难发现，我国企业在资本积累过程中通过证券市场筹集资金的比例与多数国家类似，证券市场融资金额大约相当于通过银行贷款金额的10％左右，说明我国近十年来证券市场取得了较快的发展，在拓宽企业融资渠道上发挥了极大的作用，但企业通过证券市场融资更多地依赖于股票市场。
中国证券市场在融资功能上呈现出如上的特点，一方面是由于承担着国有企业改制的特殊历史任务，另一方面也说明了我国债券市场发展相对落后的事实。
众多学者研究的结果表明，我国债券市场的发展落后有着多方面的原因，烦琐的审批制度、市场规模过小、导致企业债券流动性较差、“重股票、轻债券”的思想，在面临着股权融资的“软约束”和债券融资的“硬约束”的情况下，企业会毫不犹豫地选择股权融资，因而发行企业债券的积极性不高。
另外一个非常重要的方面是我国债券融资成本过高。在完善的资本市场上，债券融资成本应低于股权融资成本。但在我国目前的证券市场上正好相反，股权融资是一种近乎免费的、比银行贷款更软性的约束，企业债券市场则在上个世纪90年代以来一直处于萎缩停滞的状态。虽然对于企业债券的交易不征收证券交易印花税，但由于进行债券交易的主要是一些金融机构，仍需要根据差价收入计征营业税。另外交易所得及利息所得，还需要计缴相应的所得税，并没有比股票市场的税收政策更优惠，加之债券发行还有到期还本和定期付息的约束，使得更多的企业选择了股权融资的方式，而更多的投资者出于风险的偏好进入了股票市场。所以证券税制应充分明确地体现不同品种的证券交易之间的税收差异，利用差别税率和一定的税收优惠来平衡证券市场的发展。
利用税收政策强化证券市场投融资功能
对目前证券税制应当做如下调整，在二级证券市场的税制应当包括三个基本税种：证券交易税、证券交易利得税、证券持有所得税；并取消原有的对二级证券市场交易征收的证券交易印花税，改为对一级证券发行市场征收。
恢复印花税的本来面目。我国目前对证券二级市场交易征收的证券交易印花税，属于印花税的产权转移书据税目，但实质上是就证券交易金额征收的一道交易税，我们可以考虑仅针对一级市场的股票发行及认购双方征收，以调节一级市场的发行价格，增加上市公司的发行成本，并可以弥补因为取消对二级市场征税而带来的财政收入损失。但应归属为印花税条例中的“产权转移书据”税目，税率恢复为0.5‰。