如何就核电安全议题进行协商合作，是两岸正在加温的议题。不过，由于核电的特殊性，将会使得有关的协商合作迥异于其他议题。 首先，最核心的问题就是核废料安置的问题。核废料不是普通垃圾，但长期以来人们受过去处理垃圾的经验惯性的制约，以为核废料差不多像垃圾一样，找个地方掩埋就可以了。其实，垃圾也会造成污染，找个地方掩埋非但没有解决问题，还会制造更大的问题，就算透过焚化炉处理，仍然存在着继续延伸的难题。而核废料由于其辐射污染性，所造成对环境和人体的伤害，更广更深且远。在两岸核电安全的协商合作中，台湾最关切的课题之一应该就是希望大陆能帮助台湾处理安置核废料。
其二，两岸核电安全议题的合作，通常认为仅就两岸经验的互补、人员的交流、信息通报的透明化、核灾预防或事后救灾联合演习等项目。这样的合作思考模式，基本上是受多数产业或技术项目合作经验惯性的制约。不仅如此，两岸还可以就核废料再利用、核废料除害化或核废料去辐射化等议题签署协议，进行合作研发，投入资金预算，并成立共同推动办公室。
其三，两岸除能共同合作让核废料除害化外，更可共同合作让核电逐渐除役化。而其中重点，必须让核电在能源结构中的角色能够逐渐被稀释甚至被替代。以两岸目前在非核能之外的包括太阳能、再生质能等所共同具有的角色，双方若能在非核能的新兴能源产业项目进行合作，建立两岸的产业链和价值链，带动这些新兴能源产业的深化发展，相信对于改变世界能源产业的结构，逐渐淡化核电的角色，甚至使核电除役化，将会有很大的帮助。因此，两岸经合会可以优先尽速就上述新能源产业合作项目，进行协商并签署合作协议。
其四，两岸还可就核废料除害化和核电除役化举行论坛，并将论坛讨论内容依世界贸易组织(WTO)机制或亚太经合会(APEC)机制，送其成员参考，甚至可以送国际原子能总署参酌，向全世界表达两岸对上述两大议题的关切，从而借以导引全球各地的延伸性行动。
建立两岸农业交流平等伙伴关系／杜宇
农业合作一直是两岸交流的核心议题，目前呈现出几个现象：双边农产品贸易总额均有所成长：台商对大陆农业投资规模逐渐增加，但是大陆来台湾进行农业投资项目很少，投资金额仅1，5亿美元；大陆已经成为台湾农产品最大的销售市场，占台湾农产品对外贸易总额的23，6％；双边农业科技交流互动频繁，近3年来大陆到台湾参访的农业专家达500多人次，台湾农业专家到大陆参访高达1300多人次；大陆普设台湾农民创业园，对吸收台湾先进农业技术、管理经验等成效良好；大陆向台湾出口价格较低的农产品，并从台湾进口价格较高的农产品等。
但是受到政策和法规限制，两岸农业交流目前尚处于单项、间接、不均衡、非全面性的发展阶段。例如大陆官方采取有助于台湾农业贸易的便利措施，如绿色通道、快速通关、部分农产品零关税等，而台湾对大陆农产品进口仍予以诸多限制，尚有830项农产品禁止输入台湾，将大陆列为动植物疫区等。台商在大陆农业投资对两岸农产品贸易产生了较强的替代效应，而台湾农产品在大陆内需市场上受到“台湾品种”农产品的挤压，营销不如预期。台商或大陆本地所产农产品通过各种渠道回销台湾，冲击到台湾本地农产品。此外，两岸农产品在国际市场相互竞争，以及台商与大陆当地农民间利益冲突：台湾农业科技外流，有效管理的政策工具明显不足；两岸农业投资不对等，目前台当局对大陆资金投资台湾农业有很大的限制，且台商在大陆投资主要集中在少数产业中，食品加工占半数以上。种植和畜牧业等纯粹农业产业投资较少。
两岸农业究竟该如何稳健走下去?笔者认为，首先要通过比较利益原则确立合作的重点区域，有效区隔市场。台湾将重点放在农业科技研发，大陆则着重在通过台湾技术协助以满足本地农产品市场需求；其次，要在兼顾两岸利益前提下，协商有关国际农渔业谈判的立场和信息资源等共享机制，并在国际规范下进行农产品安全相互认证及知识产权保护等议题，以期携手合作，共同应对国际市场竞争。
台当局应该让两岸农业交流等亦即回归正常化，才是正确作为，也最符合台湾总体利益之举。
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