重化肥，轻有机肥，是当前农业生产上的一大弊端，这将直接影响农业的持续、稳定发展。其实，有机肥和化肥配合施用，是有很多好处的，在发展现代农业和无公害农业建设中，越来越使我们认识到有机肥与化肥配合使用的重要性。
急缓相济。取长补短。有机肥含有多种营养元素，养分齐全，给作物的健壮生长打下了良好的物质基础。施入土壤后，在微生物的作用下能源源不断地供给作物吸收利用，长期使用能改善土壤的团粒结构，增加土壤的有机质，提高土壤肥力。化肥成分单纯、含量高、肥效快，但持续时间短，使用化肥能满足作物关键时期的需肥要求，但如果单施大量化肥，易使作物倒伏，招致病虫的危害，还使土壤板结，理化性状下降。而化肥与有机肥配合施用，可以急缓相济、取长补短，有利于作物季季高产，使土壤肥力长而不衰。
减少养分固定，提高肥效。化肥施入土壤后，有些养分会被土壤吸收或固定，如过磷酸钙在酸性土壤上容易同铁、铝等结合成难溶性的磷酸铁而沉淀，造成有效养分的不足；而与有机肥配合使用就可以减少化肥与土壤的接触面，从而减少土壤对化肥的固定。
调节土壤酸碱度。改良土壤结构。在酸性土壤上施酸性化肥，会使土壤酸性进一步增强，如硫酸铵、氯化铵等化肥施入到酸性土壤后，铵离子能被吸收利用，而剩下的硫酸根和土壤胶体吸附的氢离子结合生成硫酸，使土壤酸性增强，导致土壤板结；如与有机肥混合使用，则可因有机肥能提高土壤的缓冲性能，调节酸碱度，而使土壤酸性不致提高。同时施用有机肥后，因富含有机质，就能达到改良土壤结构，提高肥力的目的。
促进微生物活动，增加土壤的养分。有机肥是微生物生活的能源，化肥能供给微生物无机营养，二者配合使用就能促进微生物活动，进而促进有机肥的分解，产生大量二氧化碳和有机酸，有助于土壤中难溶性养分的溶解，供给作物吸收利用。二氧化碳还能增加作物的碳素营养，提高光合效率。同时，有机肥与化肥配合使用，还能调节碳氮比例，供给土壤微生物活动的营养，并且家畜粪便等有机肥中具有活性较高的酶，均有利于将土壤中作物难以吸收利用的物质腐熟与分解，这是化肥难以做到的。
提高作物产量、质量。有机肥与化肥的配合使用，提高了肥料的利用率，满足了作物各生育期对不同养分的吸收，改善了作物的营养条件，从而能提高作物的产量和质量，例如种植大小麦，增施有机肥后能提高大小麦蛋白质的含量，对油料作物如油菜还有利于脂肪的转化，提高出油率，对瓜果蔬菜还能保持其特有的自然风味。
在农业生产上，有机肥与化肥配合施用，有很多成功的实例，相得益彰，而且还可以使肥效成倍提高。
1.农家肥与尿素混施。农家肥与尿素混施，可提高尿素的肥效，尿素一旦与土壤、农家肥料及其它有机物接触，由于受土壤尿酶的作用，迅速产生生化反应释放出氨，尿素的分解速度与土壤肥力、农家肥的质量、气温、湿度有关。冬季在低肥力土壤上，尿素施后10天能达到产氨高峰，看出肥效；夏秋季节后，在高肥力土壤上只要3-5天就能看出明显肥效。若在尿素中混入少量的粪尿或饼肥，则产氨高峰能提前一倍的时间，如果尿素与优质农家肥混合施用，还可延长肥效时间，除当季作物增产外，下茬作物也能受益增产。
2.农家肥与磷肥混合堆沤和施用可以保氮。农家肥在腐熟过程中，要产生大量的二氧化碳和腐植酸类物质，这些物质有助于非水溶性磷肥的溶解，从而可以提高肥料的质量。特别是难溶性磷肥在施用之前最好与优质农家肥混合堆沤。此外，农家肥堆沤时，含氮物质氰化，在翻捣时发生氨气挥发损失，如果添加过磷酸钙，就可以起到以磷保氮的效果。
3.磷矿粉、过磷酸钙与农家肥混施或堆沤。一般混合堆沤一个月左右为宜，时间不宜太短或过长（因时间太短不便发酵腐熟，时间过长容易挥发）。农家肥以人粪、各种畜禽粪为最好，秸秆、杂草差些。在厩肥（圈肥）中加过磷酸钙。在堆放厩肥时，加入20%的过磷酸钙粉搅拌均匀，堆放15-20天以上，不仅可防止厩肥中氮素的挥发流失，而且能加快厩肥的腐熟过程，增加有效磷含量。4.堆沤肥添加碳酸氢铵。将粉碎的植物秸秆等原料与土混匀后，添加1%碳酸氢铵混匀，堆成堆后用泥密封堆沤，腐烂后即成优质高效的生物钾肥。
农家肥与化肥配合使用过程中，混施相忌的有以下几种：1.草木灰不能与氮素化肥混施。草木灰是碱性肥料，若与铵态氮、硝态氮等酸性肥料混施，则起中和分解反应，释放出氨气，造成氮素损失，影响肥效。2.未腐熟的厩肥、堆肥不能与硝态氮肥混施。硝酸钠、硝酸钙、硝酸钾等硝态氮肥若与未腐熟的农家肥料混施，则会产生反硝化作用，引起氮素损失。3.草木灰不能与过磷酸鈣混施。草木灰含钙较多，若与过磷酸钙混施，酸碱起中和反应，钙能固定磷素，变成不溶性磷，使作物不能直接吸收利用。4.硝酸铵不可与杂草，秸秆等有机物混合堆沤或配合施，以防放出氨气，造成氮素损失。5.农家肥不能同碳酸氢铵配合施用。碳酸氢铵受潮挥发，其化学性质不稳定，分解速度与温、湿度成正比，在20"U以下还属稳定，35℃以上时则会分解成大量氨气和二氧化碳，使肥效大大降低。