两岸关系和平发展的提出，得到了海峡两岸，包括世界各国的热烈欢迎，成为普遍共识。但对祖国大陆来说，和平发展是海峡两岸和平统一的一个过渡期，其目标是十分明确的，那就是，和平发展阶段的结束，必然要进入和平统一的阶段。但两岸关系的和平发展必然会带来两岸的和平统一吗?两岸关系的和平发展会不会带来两岸的和平分裂或台湾的“和平独立”?这些成为了和平发展新阶段的新挑战。
当前，两岸当局就两岸关系的和平发展总体框架取得了共识，那就是2005年胡锦涛总书记和连战主席达成的“三项体认和五项愿景”。这些共识成为两岸当局推动两岸关系发展的基本方针。2008年12月31日，胡锦涛总书记在纪念《告台湾同胞书》发表30周年座谈会上的讲话，全面阐述了祖国大陆推动两岸关系和平发展的基本方针政策。可以说，两岸关系和平发展的路径十分清晰，措施十分明确，目标十分坚定。
在这些基本方针的指引下，两岸关系和平发展新阶段的开局顺利。在短短的一年多时间里，两岸两会制度性协商已经恢复，并且达成了10项协议。两岸同胞奋斗了30年的两岸直接双向“三通”也已经实现，两岸的经贸合作框架协议ECFA也正在展开谈判，加强两岸的文化交流也成为两岸当局的共识。两岸关系日新月异，一日千里，“今天，两岸同胞往来之频繁、经济联系之密切，文化交流之活跃，共同利益之广泛是前所未有的”。
2009年11月18日，美国总统奥巴马访华，在发表的中美联合声明中，明确地表示“美方欢迎台湾海峡两岸关系和平发展，期待两岸加强经济，政治及其他领域的对话与互动，建立更加积极，稳定的关系”，表明了两岸关系和平发展的趋势也得到了国际社会的理解和支持。
两岸关系和平发展的开局进展顺利，但两岸关系的道路却注定是不平坦的。在两岸关系和平发展逐次展开后，两岸关系的新旧矛盾、障碍和难题也随之浮上台面，给两岸关系和平发展带来许多波折。
其一，两岸政治性对话谈判困难重重给两岸关系和平发展蒙上阴影。
尽管两岸在和平发展上取得了许多共识，经济文化的交流与合作如火如荼，然而政治上的对话和谈判却完全无法展开。不久前在台北召开了“两岸―甲子”研讨会，代表两岸当局的重要智囊登场，以民间学者的身份开始讨论两岸的政治军事，外交等议题，被称为两岸政治对话的“二轨”。会上，两岸学者虽然对于两岸结束敌对状态，鉴订和平协议有高度共识，但是，在事关两岸核心利益的问题上两岸学者却分歧严重，甚至针锋相对。对于两岸最重要的政治基础一个中国原则，台湾学者拒不承认，甚至认为不应该提一个中国原则，否则两岸就无法谈提“九二共识也必须要加上”一中各表，一中就是“中华民国”，事实上就是要大陆承认“中华民国”的存在。对于和平发展的前景，台湾学者只愿意谈和平，不愿意谈统一。会上，两岸学者各说各话，毫无交集，使参加会议的大陆学者深刻地感受到了“台北的政治水温虽说不至于结冰，但确实很冷”。
在这个会议上两岸学者间所产生的对立和矛盾，正是两岸关系长期存在的深层次的结构性矛盾的反应，表明了两岸关系的基础还十分的脆弱，两岸关于未来前景的共识还十分模糊，两岸之间的互信也是十分薄弱的。两岸之间如何解决这些矛盾和分歧，至今并没有明确的答案，成为两岸关系和平发展的障碍和难题。这些障碍和难题随时都有可能因为台湾政治形势的变化而使两岸关系再次出现波折，甚至倒退。
其二，“台独”分裂势力仍然十分嚣张，对两岸关系和平发展提出严峻挑战。
虽然近几年来民进党在选举上节节败退，丧失了执政权，但是，民进党东山再起的机会似乎越来越浓，由于台湾的经济困难、台湾当局施政的缺失，使得民进党重新燃起执政的希望。随着陈水扁案子的淡化，民进党的声望有所回升。在近几次立委补选中，民进党都能战胜国民党而取胜，国民党反而屡选屡败，前景堪虑。
民进党下台后，对于自己的路线并没有进行反省，既没有改变其“台独党纲，也没有改变其“台独”立场。对于两岸关系的和平发展，民进党采取完全对立对抗的姿态，实施“焦土战术”，“逢中必反，逢马必反”，极力破坏，阻挠两岸关系的发展，甚至不惜挑衅中华民族的核心利益，结合“疆独”、“藏独”，共同对抗祖国大陆。执政的国民党当局并没有全力为两岸关系和平发展进行辩护，反而让民进党掌握舆论的主导权。对于民进党的反对举动，有时国民党当局半推半就，利用民进党作为与祖国大陆讨价返价的筹码，牵制了两岸关系和平发展的进程，助长了“台独”的气焰。可以说，岛内的政局变化成为两岸关系和平发展不可预知的变数。
其三，台湾民众无统一的意愿成为两岸关系和平发展最大的难题。
两岸关系和平发展得到了海峡两岸民众的普遍认同和支持。近50％的台湾民众支持两岸的经济文化交流协商和谈判。但是，对于两岸未来的发展前景，台湾民众的看法却是十分复杂的，分歧也较多。据2009年10月20日台湾《远见》杂志民调中心的调查，台湾19％认为台湾应该尽快独立，10.3％认为先维持现状再独立(合并急独与缓独的高达29.3％)。40.7％认为应该维持现状，11％认为应该永远维持现状。4.3％认为应该维持现状后统一，4％认为应该马上统一(合并急统缓统的约为8.3％)。若两岸在经济、政治，社会各方面条件差不多时，68.3％认为没有必要统一，11.7％认为即可统一。认为两岸终究统一的，有15.7％表示赞成，69％不赞成。就台湾是否最终独立成为新的国家，47.2％赞成，34.1％不赞成。
从这些民调显示，台湾民众目前主张维持现状的仍然占绝大多数(65％)。但对于未来两岸究竟是什么关系，看法明显分歧。其中，支持“独立”部分已上升上到近三成，而支持统一部分则下降到不到一成。显然，目前大多数台湾同胞并无统一的意愿，表明了大多数台湾同胞对两岸的统一仍然充满着疑虑和恐惧。其原因十分复杂，既有历史原因，也有现实因素，既有李登辉，陈水扁“去中国化”政策种下的恶果，也有两岸对立对抗结构形成的社会心态。台湾同胞无统一意愿必将影响到整个台湾政治社会对两岸统一的态度，使两岸关系无法得到进一步提升，制约着两岸关系的发展。
两岸关系进入和平发展的阶段，是两岸关系的一个重大转折，是两岸关系的重大发展。然而，两岸关系所面对的障碍和难题，却更加复杂。表明了两岸关系和平发展仍将是长期、复杂和艰巨的。因此，要克服这些障碍，解决这些难题，还需要更多的信心，耐心和同理心。
首先，我们要认清中国崛起的大形势。祖国大陆是影响两岸关系的决定性因素。经过60年的发展，祖国大陆的现代化建设取得了骄人的成绩，创造了历史性的奇迹，中国崛起已成为事实，为举世公认。两岸的综合实力差距的扩大，中国在国际社会上地位的提升，使祖国大陆牢牢掌握着两岸关系发展的主导权，那些试图分裂中国，要把台湾从中国分裂出去的形形色色的“台独”主义、分裂主义实际上已经宣告破产。
其次，我们要认清两岸关系的大形势。30年来，两岸关系经历了许多风风雨雨，总有一些人千方百计地想阻挠两岸关系的发展，但最终还是以失败告终。两岸关系的发展，如浩浩荡荡的洪流，势不可挡。不管台湾谁上台执政，也无法阻止两岸关系的发展，两岸关系已经不可逆转，只能朝前迈进。两岸关系开放发展30年，已经使两岸的联系事实上成为不可分割的整体――一个新的命运共同体正在形成之中，要把两岸再分裂开来已经不可能。
再次，我们要认清台湾民心走向的大形势。长期以来，两岸关系存在着这样或那样的矛盾与障碍，台湾民众也并不如预期的那样，随着两岸关系的发展而出现倾向祖国大陆的趋势，而是呈现出一个奇怪的悖论两岸关系越发展，台湾民众的统独心态反而逆向降升，让推动祖国统一的人士颇感失望和沮丧，有人甚至为此失去耐心和信心。对此我们头脑要清醒，对台湾民心要有一个正确客观的认识和理解。
由于历史和现实的原因，台湾同胞对祖国大陆存在极深的误解和偏见，对祖国大陆产生强烈的不信任感。随着两岸关系的发展和密切，由这些不信任感所产生的恐惧感反而更加强烈。他们担心自己被吞并，担心失去自主权，担心台湾历史上的悲剧重演。为此他们产生了逆反心理，由于害怕被统一，他们就在两岸统一的现实过程中表现出更为强烈的反统一，以示他们的恐惧心理。
对此，祖国大陆要有深切的理解。对自己有信心也要对台湾人民有信心。在对台湾民心深刻把握的基础上，理解和包容台湾同胞的复杂心态。所有这些障碍和难题，都必须而且也应该在和平发展的阶段中解决，通过和平发展来解决。