升格后院校的发展基本有两种情况，一是通过整合资源，优化结构等一系列改革措施，提高了水平，实现了院校的跨越式发展；二是反之。升格是把双刃剑，因为，升格不是简单的更改校名，它所面对的是生源的扩大、培养目标的变化、师资结构的调整社会对学校的要求更高等。因此，面对如此错综复杂的局面，升格院校要以和谐理念为指导思想，对学校诸如管理理念、人事安排、权力分配、教师管理及学生管理等各方面进行全方位的调整与改革，消除诸多不和谐因素，实现新院校的跨越式、和谐发展。
一、树立和谐发展的管理理念
德国社会学家韦伯曾说过，决定人们行为的是利益，但是理念往往像是扳道工，规定着利益行为前进的轨道。理念，简单地说就是指人们对于某一事物或现象的理性认识、理想追求及其所形成的观念体系。学校管理理念是人们对学校管理这一现象总的认识与看法。管理理念决定了学校的管理方式和各项规章制度的建设，决定了学校在对待各种问题时的态度与处理方式。因此，在新升本科院校管理的一系列改革中，最关键的、起统领作用的，也是最为困难的是管理理念的转变。这是一项艰巨的任务，它需要一种新的管理理念作指导。这种管理理念就是和谐发展观，其核心是在均衡中化解矛盾，调整管理中的各利益主体，达到管理效能的最大化，从而促进院校协调与可持续发展。对于一种新的管理理念，人们总是要经过这样一个过程：最初是反抗它，接下来是习惯它，最后是离不开它。由于人们已经习惯了旧的理念，从一种旧的管理理念向新的管理理念转变是困难的。在旧的理念的庇护下，各部分的运转似乎都很正常，除非万不得已，人们不愿打扰已有的平衡。但在学校升格的催化下，必然会出现新的管理理念，这种新的管理理念不可避免地要与旧的管理理念交锋。如果学校要进一步发展，旧的管理理念必须要让位于新的管理理念，所以，解决好学校管理者的管理理念问题是学校升格后的第一要旨。
当然，和谐管理理念并不是对学校原有管理理念的全面否定，而是在继承旧传统中精华部分的基础上的创新，是对原有管理理念的扬弃。新的和谐管理理念不仅要有助于解决刚升格后比较急迫的一些问题，而且要立足于学校未来的发展，全面指导学校的管理工作，实现学校的可持续发展。
二、碰撞与磨合中实现人事安排的和谐
凡涉及人事安排的地方总是有利益的争夺，因此这方面的管理工作格外复杂。有研究者认为，除了合并的学校要处理不同学校之间的人事纠葛问题外，新升格的高校在升格后的一段时间内，人事结构尽量不要做很大的调整，保持人事管理制度的相对连续性和稳定性。理由是，学校管理部门要力争稳定，在平稳中发展，而且这样的管理成本比较低。这种观点看似保险，却是对和谐的误解，它所维持的只是一种表面的和谐。和谐并不是规避困难，而是积极的解决问题。那种貌似稳妥的人事调整方式，其实如同慢火煮青蛙，无疑是一种不知不觉下的慢性自毁。另外，由于在旧有的人事结构下，一则是人们的恋旧与惧难情绪，二则是人们眼光的局限，圈中人士难以提出一种新的管理理念。众所周知，高等教育的发展将进入下一个冰河期，为了生存，各个学校之间的竞争必将更加激烈。所以，寄希望于慢慢转变管理理念的观点，在发展步伐上必然会落后于其他院校。有人认为，可以让本校的管理人员到其他学校进行挂职锻炼，学习先进的管理理念。但不同学校面临的实际问题不一样，而且这种锻炼多浮在表面、流于形式，因此实际效果不佳。比较理想的办法是为学校原有的人事部门注入新的血液，也就是说，直接进行“人事空投”。从校级管理层面到系级管理层面，由其他院校有计划、有重点的引入管理理念先进、管理经验丰富的人员，充实到各个管理层面，改变原有的管理队伍结构，为刚升格的学校带来些新的气息。新的人员与原有的人员在共事过程中，必然会出现思想的碰撞、理念的冲突。但长痛不如短痛，这样反而有利于促使学校迅速揉合新旧两种管理理念，探索出一种适合本校发展的管理理念，调整自己的发展思路，使学校适应社会的发展。这种人事安排起始成本可能要比前一种方式的成本高，风险也大，但与高风险相伴的是高收益，只要处理得当，能够缩短磨合期，并尽快地形成一支高效的、适合新升格院校发展的管理队伍。
三、放权与分权。实现院、系两级及学术、行政两种权力的和谐
首先是放权。一般大专学校在升格前，规模都不是太大，管理的跨度小，机构少，学校各部门职能相对简单，因此皆为一级管理体制。升格后，学校的规模扩大，不仅学校各原职能部门的事务较之以前庞杂，而且系部的工作也得到重视，原来那种“一竿子到底”的一级管理模式显然已不再适应学校的进一步发展，所以升格后的院校要由一级管理体制向二级管理体制过渡，由围绕学校各职业部门开展工作的集权化管理方式向以系为单位的分权化管理方式转变。这个过程涉及到一个放权的问题，也就是说，学校一级部门要向二级部门授权，这是―个比较痛苦的过程。这期间，因思维定势的影响及对权力的热衷，一级管理部门从思想观念到工作习惯都会出现某些不适应的现象。到底二级管理部门应该具有哪些权力，这些权力如何实施，以及如何对这些权力的运行进行必要的监督等问题常常困惑着校级管理部门。其实这些问题纯粹是一种权力上的“夏洛克”心态，纯属一级管理部门自寻烦恼。比如，明明应该由系级管理部门解决的问题，学校一级管理部门总是自觉不自觉地去插手，致使系级管理部门的工作处处掣肘，无法发挥出系一级的管理职能。另外，升格后的院校更能体现出高等学校的组织特点，即教师是双重身份的结合体，他既从属于某一学科同时又从属于―个事业单位。这种双重身份的结合点就在系一级，无论从权力结构还是工作任务来看，应把管理的重心放在系部，使系部有更多的自主权，学校各职能部门也必须从管理转变为加强服务、监督和协调。
此外是分权。按照罗伯特・伯恩鲍姆对大学组织的分类法，升格前的学校多是一些官僚化的组织，学术性质不明显。升格后突出了系部的工作，而系部不仅是学校的基层行政单位，同时又是一个基础的学术单位，于是系部彰显出了学术性，新院校明显的出现两种权力，即学术权力和行政权力，从而涉及到两种权力类型的和谐发展问题。阿什比勋爵指出，大学的兴旺与否取决于其内部由谁控制。学术权力与行政权力的这种剪不断，理还乱的不和谐已经不是个新问题。升格后的本科院校更多是一种学术组织，其内部虽然有行政权力与学术权力的斗争，但要按照学术的内在逻辑来分配与调整内部的权力结构，保持学术权力与行政权力的合理分工。在学校事务中，尤其是学术事务的决策管理中，要以学术人员为核心，行政人员提供各项服 务，改变过去那种过分依赖行政人员的官僚化管理方式。
四、和而不同。尊重教师的个性化劳动。创设和谐的学术氛围
从大专升格为本科，是学校管理的一次全面转型，教师工作是学校管理改革的重点。从教师管理方面来说，升格后的学校更像是一所学术机构，教师是其中的灵魂。教师的职业具有复杂性、创造性、周期比较长等特点，这就决定了教师的管理要更具人性化、民主化，更要为教师留下宽广的成长空间。与大专学校的教师长期以来主要从事教学工作不同，本科院校的教师除了教好书以外，还要搞好科研。科研是对未知的探索，有一定的风险，所以要允许无功而返；科研是实事求是，来不得半点虚伪，所以对科研成果的评价要客观；科研是纯粹学术的问题，不是政治问题，所以，对于不同的学术观点，要本着和而不同的原则，尊重教师的个性化劳动，允许不同见解，提倡百家争鸣，百花齐放。要倡导学术自由精神，创设一种宽松、自由、和谐的学术环境，“允许具有非同寻常创造性的人才享有非同寻常创造性的生活。”学校的管理者要深刻理解美国芝加哥大学前校长哈珀在1892年召开的第一次全校教师大会上提出的主张，“摆在我们面前的问题是如何在精神上合众成一，而在意见上则无需如此。”这样，才能得到教师们的拥护，才能将来自四面八方有着不同经历和不同个性的教师团结起来，极大地鼓励他们在各自领域竞相自由探索。
五、以人为本，以就业为导向，实现育德与育才的和谐
本科生不论从年龄上还是知识结构、社会对他们的期待等方面都与专科生有质的区别，因此，以前管理专科生行之有效的方式、方法不一定完全适合本科生。大专院校一般对学生管得过多，统得过死，学生个性发展空间受到挤压。这些学校的管理以安全、稳定压倒一切，不注意学生的实际情况，不注意开发他们的能力和潜力，不打开校门看看外面的发展形势，一味把学生禁锢在书本上、课堂里，这是对学生前途的漠视，是对学生个性的戕害。
新升格的院校要清楚自己所面对的是一群朝气蓬勃、风华正茂的年轻学子，相对大专的学生来说，他们多了些责任，少了些任性，多了些成人意识，少了些小孩脾气，我们的管理要以人为本，要有利于他们身心发展，管理不止是育人，还要成就人。实现这一目标，在课程上要树立以能力为本位，以职业实践为主线的课程观，融知识、能力、素质要求为一体，采取综合化的方法设计课程，培养学生扎实的职业技能、较深厚的岗位技术理论知识和较强的技术再现能力。要特别重视实践课程，以培养学生的综合能力、专业能力为主，将专业知识、实验、实习、实训有机结合、穿插进行。要让学生因材求知，因需就学，以“性之所近，力之所能”为原则，让他们至少掌握一门技艺，培养一种爱好。