在蔡元培的心目中，“所谓大学者，非仅为多数学生按时授课，造成一毕业生之资格而已也，实以是为共同研究学术之机关。研究者也，非徒输入欧化，而必于欧化之中为更进之发明；非徒保存国粹，而必以科学方法，揭国粹之真相”，因此大学理应是“囊括大典，网罗众家”的学府，遵循“万物并育而不相害，道并行而不相悖”的自然法则。他打过一个极具说服力的譬喻，人的器官有左右，呼吸有出入，骨肉有刚柔，它们相反而相成。蔡元培决意改造北大，并非打碎另做，推倒重来，凡饱学鸿儒皆得以保留教职，更在国内延聘名师，不问派别，不问师从，但求其术有专攻，学有专长。至于不合格的教员，他坚决黜退，决不手软，不管对方是什么来头，有什么靠山。一名法国教员被黜退后，曾四处扬言要控告蔡元培。一位被黜退的英国教员更加神通广大，居然搬出英国驻华公使朱尔典这尊洋菩萨来与蔡元培谈判，蔡元培坚持成命，不肯妥协。事后，朱尔典怒气冲冲地叫嚣：“蔡元培是不要再做校长的了！”对于这些外缘困扰，蔡元培一笑置之。
诚如冯友兰所言，“大学应该是国家的知识库，民族的智囊团。学校是一个‘尚贤’的地方，谁有知识，谁就在某一范围内有发言权，他就应该受到尊重”。学术乃天下之公器，一致百虑，殊途同归，蔡元培不持门户之见，唯致力将北大改造成为中国的学术渊薮。蔡元培的改革理念和举措，最令人称道的便是“学术第一”“教授治校”“讲学自由”和“兼容并包”。以党见和政见论，王宠惠信奉三民主义，李大钊、陈独秀信奉共产主义，李石曾信奉无政府主义，辜鸿铭憧憬君主立宪；以文学派别论，胡适、陈独秀、钱玄同、刘半农、周作人倡导新文学，刘师培、黄侃、吴梅坚持旧文学。特别是“性博士”张竞生，被封建卫道士辱骂为“三大文妖”之一，他在北大讲“美的人生观”，在校外出版《性史》，竭力提倡“情人制”“外婚制”和“新女性中心论”。在半封闭半蒙昧的中国，张竞生的言论绝对算得上离经叛道，惊世骇俗，也只有在蔡元培的保护伞下，他才不会被大众的唾沫淹死。北大学生办了三个大型刊物，分别代表左、中、右三派，左派的刊物叫《新潮》，中派的刊物叫《国民》，右派的刊物叫《国故》，各有其拥趸，各有其读者群，尽管彼此笔战不休，但却相安无事。
蔡元培开门办学，最具特色的是，学校“三生”共存。“三生”是正式生、旁听生和偷听生。正式生是考进北大的学生，旁听生办了旁听的手续，得到了校方的许可，偷听生则未办任何手续，自由来听课的，尽管未获许可，但也没人将他们撵出课堂。偷听生中也是藏龙卧虎，不可小觑，其中的荦荦大者就有金克木、许钦文和申寿生。上课前，教授指定专人发放油印的讲义，对上课者不问来历，一视同仁，发完为止。有些正式生姗姗来迟，反而两手空空，他们也不觉得有什么好委屈好奇怪的。“来者不拒，去者不追”，听课之自便由此可见一斑。有人说：“学术是天下公器，‘胜地自来无定主，大抵山属爱山人’，这正是北大精神的一面。”偷听生也因此得到正名了。
当年，北大被称为“自由王国”。你爱上课，可以；你不爱上课，也可以；你爱上你爱上的课而不爱上你不爱上的课，更是天经地义的准可以。贬低北大的人以此为口实，称北大是“凶、松、空三部曲”，意思是：学生投考时题目“凶”，入校后课程“松”，毕业生腹中“空”。还有一种类似的说法：北大把后门的门槛锯下来，加在前门的门槛上，即谓进校难，毕业易。事实上，北大约束少，最能出怪才。朱海涛有一段回忆文字写得极其到位，可算作总答复：“北大的教育精神是提倡自立、自主的。??给你逛窑子的机会你不逛，那才是真经得起试探的人。给你抄书的机会你不抄，那才是真有读书心得的人。将你搁在十字街头受那官僚封建腐烂的北平空气薰蒸而不染，那才是一个真能改造中国的人。关在‘象牙塔’里受尽保护的，也许出得塔门，一阵风就吹散了。”既然行为自由，思想也会同样自由。当时中国有多少党派，北大师生中就有多少党派；中国有多少学派，北大师生中就有多少学派。办大学，兼容并包其实是非常危险的，弄得好固然可以形成“酒窖”；弄不好呢？就会形成“粪沼”。蔡元培对于中西文化择善而从，对于各类人才兼收并蓄，使之商量旧学，邃密新知，和平共存，不相妨害。他的态度绝无偏袒，他的器局皆可涵盖，处事公平，无适无莫，大家自然心服口服。
涛声摘自《国士无双--北京大学的龙虎象》/