五、抗战期间与毛泽东、周恩来的交往
1938年初，章乃器应李宗仁之邀出任安徽省财政厅长。他在赴皖途中经过武汉，曾到中共办事处与周恩来、王明会见，这是他们的首次见面。周恩来嘱托他两件事：一、彻底执行释放政治犯的指示；二、搞好同新四军的合作关系。到达安徽之后，章乃器在大别山抗日根据地与共产党人周新民、张劲夫、陈国栋及进步人士朱蕴山等合作，坚持团结抗战。由于安徽的政治犯已全部被军统抢先转移，他就全力搞好与新四军的合作。不但每月以三万银元的财政拨款支援新四军，还给他们送去急需的金鸡钠霜等药品，并为中共培养了李人俊、范醒之等一大批财经干部。章乃器与新四军的张云逸、何伟等经常有联系，董必武到安徽时，也曾特地去看望他。
由于章乃器在安徽坚持团结抗战，得罪了CC系和顽固派，被蒋介石召往重庆“述职”，待他于1939年5月抵达重庆后，即被蒋免职。此后他就一直在大后方经营工商业，拒绝再做国民党政府的官。在重庆期间，他曾与沈钧儒等代表救国会参加了统一建国同志会（民盟之前身）的发起，但不久发生的一件事却使他退出了救国会。
1940年春，苏联与日本法西斯政府签订了“日苏中立条约”，相互保证尊重“满洲国”和蒙古人民共和国的“领土完整和不可侵犯”。消息传出，中外舆论哗然。在重庆的救国会领导人联名发表致斯大林元帅的公开信，对苏联的这一行动表示遗憾。此信是众人公推王造时起草的，署名者为沈钧儒、章乃器、史良、李公朴、沙千里、张申府、刘清扬、胡子婴、王造时九人。苏联的民族利己主义给中国共产党造成了很大困扰，作为第三国际的支部，中共不得不维护苏联的形象。沈钧儒应周恩来的要求，收回了这一信件。章乃器不同意收回，因而脱离救国会。章乃器素来坚持超党派立场，在这个问题上，他没有和中共保持一致，甚至退出了自己亲手创立的救国会。历史就是这样充满了遗憾。
章乃器抗战期间一直在重庆经营工商业，他是大后方民族工商界组织——迁川工厂联合会的执行委员、常务理事，也是重庆工商界“星五聚餐会”的活跃分子，并创立了民族工业界的智囊团——中国工业经济研究所。
抗战胜利后，毛泽东亲赴重庆与蒋介石谈判，1945年9月17日，毛泽东邀请刘鸿生、吴蕴初、范旭东、章乃器、胡厥文等工商界人士到他的住处桂园（张治中官邸）座谈，这是章乃器第一次与毛泽东见面。毛泽东对他们说：中国是一个半殖民地半封建国家，民族资本不可能有大的出路，能获得发展的只有外国资本和依靠政治权势的官僚买办资本。民族工业要得到发展，首先必须实现民族解放，实施民主政治。现在抗战胜利了，中国应当建设成为一个独立、民主、富强的新中国。在这个新中国里，民族工业应当得到保护，民族工业只有在这样的国家里才能得到发展。关于中共对待民族工业的政策，毛泽东说，中共是工人阶级的政党，同资产阶级是有矛盾的，不承认这个矛盾是不客观的。但是，在现阶段，在新民主主义阶段，中共不主张没收资本家产业，而主张实行调节劳资矛盾的政策。他希望工商界朋友同工人搞好关系。中共绝不会把爱国工商界当敌人，相反，把他们看成朋友，希望大家为建设新中国共同努力。数日之后，章乃器与胡厥文、李烛尘、吴蕴初、胡西园、吴羹梅在特园（鲜特生宅）设宴，宴请毛泽东主席和董必武、王若飞。不久，毛泽东、周恩来、王若飞等又在中共办事处举行座谈会，邀请重庆工商团体的负责人，章乃器再次应邀出席。毛泽东在会上精辟分析了国内外形势，提出了和平建国的基本方针。
10月10日，国共两党签订了“双十协定”。次日，毛泽东返回了延安。同月19日，周恩来应邀到“星五聚餐会”作了题为《当前经济大势》的演讲。他指出：为了战后的工业建设，首先要有安定的政治环境，而安定的政治环境又不外和平与民主两件大事。不但政治上要民主，经济上也同样要民主。中国今天的情形是统制得太多，管制得太死，弄得市场紊乱，工商凋敝。今后一定要有一个自由发展的时期，这样才能使中国走上富强的道路。他说国家资本、个人资本和合作资本应该在节制资本的原则下互相配合。这三种资本中私人资本占大多数，今后中国必然还要经过一段保护私有财产，发展资本主义的阶段。中国这样落后，发展又这样不平衡，不是短期内就能走上社会主义道路的，他主张坚决反对靠权威和投机来发财的官僚资本、垄断资本和侵略资本。周恩来还提出改善农村经济、提高广大人民的购买力，工业才有发展的可能。目前我们主张减租减息，至于耕者有其田和土地国有则放到将来。要使农民和地主可以共存，同时使地主更愿意投资于工业，并主张减轻工业的税收负担。关于劳资问题，周恩来说，我们是主张保障劳动者的利益的。我们绝不欺骗诸位。我们是中国共产党，我们的一切主张不能不从中国的现实出发。中国今天的劳动者和民族资本家，都是受到压迫的，因此不能不互相让步，共同奋斗。在这一点上，希望民族资本家能有远见。
毛泽东、周恩来的讲话以及他们的个人魅力，给章乃器等工商界人士留下了极其深刻的印象，使他们对共产党的政策和主张有了更多的了解，打消了以往种种疑虑。
六、建国之初共济时艰
抗战胜利后，章乃器与黄炎培、胡厥文等创立了以民族资产阶级和知识分子为主体的政治团体——民主建国会，要求实行政治和经济民主，反对蒋介石的独裁和内战政策，因此不断受到迫害，于1947年流亡香港。
1948年底，章乃器应毛泽东的邀请，毅然舍弃了在香港蒸蒸日上的地产事业，与李济深、茅盾、马寅初等三十余位民主人士秘密乘苏联轮船北上，于1949年初到达东北解放区。他在沈阳的欢迎大会上应邀讲话时表示：“我过去多年为资本家打算盘，今后要全心全意为人民打算盘。”事后施复亮就指责他是“个人投降主义，忘了团体”，“不懂得政治斗争”。
章乃器在解放区，和当时任东北财经委员会主任的老朋友陈云见面了。陈云问他：听说你在香港的企业搞得不错？章回答：不过是打打经济算盘而已。陈云说：今后要请你给我们的新国家打算盘，打更大的算盘。陈云是店员出身，章乃器是银行练习生出身，两个人打算盘的基本功都十分娴熟，这两把算盘很快就结上了缘分，为新中国的经济建设打起了大算盘。
章乃器同年2月25日到达北京，参加新政治协商会议的筹备工作。他还应中国人民银行行长南汉宸之邀，与千家驹、沈志远一起担任了中国人民银行的顾问，运用自己的学识和经验，为新政权发行人民币、稳定金融和物价出谋划策，并多次参加经济界人士在六国饭店举行的接管上海问题座谈会。后来上海解放时，一些报纸还造谣说：“中国人民银行总裁”章乃器，正在物色人物准备接收“四大银行”。
4月15日，章乃器和黄炎培等民建领导人应毛泽东之邀，到香山双清别墅晤面聚餐，毛向他们详细阐明了目前的形势和中共的政策方针，并嘱托他们借助民建自身的优势为解放上海贡献力量。不久，在中央的一再敦促下，陈云临危受命，于5月14日从东北赶赴北京，筹组中央财经委员会，以稳定全国的经济形势，统一财经工作。
上海于5月27日解放后，市面十分混乱，到处是银元贩子，投机商业十分猖獗。当时，上海既缺粮又缺煤。国民党一面出动飞机狂轰滥炸，一面勾结帝国主义实行海上封锁，南北不能正常通航。开滦煤矿的煤运不出去，南方的工厂无法开工，工人失业；上海的存煤只够用数天，如果不及时调运燃煤，整个城市就有瘫痪的危险。上海的严峻形势对全国都有重大的影响。
据当时任中国人民银行专门委员的冒舒湮先生回忆，陈云曾召开会议讨论经济形势，研究解决上海粮煤短缺等问题，请章乃器、千家驹、沈志远等一批专家发表意见，会议由南汉宸、姚依林主持。章乃器认为粮食可用铁路南运，而运煤量大，需要海运，在会上力主利用外商的轮船运煤，他实事求是地分析，认为这是能够解救上海等南方大城市“燃煤之急”的惟一方法。但利用外船运煤，当时是有争议的，有些人认为这样做有“卖国”之嫌，陈云一时下不了决心。章乃器进一步解释说，这些船的船东有不少是中国人，挂的不是英美国旗，而是巴拿马等小国的国旗。姚依林在会议室内徘徊了一阵，说道：“我们就‘卖’一回国吧！船还是中国人的船，钱也是中国人赚。”这样，陈云就把运煤的事确定了下来。关于打击银元投机，这次会议在回顾了敌伪时期的打击方法和抗战结束后蒋经国在上海“打老虎”历史后，决定采取非常手段。封闭了投机商的大本营上海证券大厦，拘捕了大批投机商，并明令以人民币为支付工具，禁止银元、金条等在市面上流通，银元风潮逐渐平息。
为稳定金融和发展生产，章乃器还曾分别向周恩来、陈云建议发行公债，受到了他们的重视。后来陈云经过调研，正式向中共中央提出发行方案，得到了批准，于1950年初发行了“人民胜利折实公债”，这是新中国成立后首次发行的公债。
7月12日中央财经委员会成立，陈云任主任，章乃器和不少经济学界的民主人士被聘为这个委员会的委员，成为陈云的智囊团。五天后即7月17日，他陪同陈云风尘仆仆地来到中国最大的城市——上海，对上海的经济形势进行深入细致的调查研究，并与上海的工商界人士座谈。8月初，陈云主持召开了有华东、华北、华中、东北、西北五个大区的财经负责人参加的上海财经会议，确定了解决上海经济问题和稳定全国物价的措施。章乃器在上海这个十里洋场生活过将近二十年，在金融界、工商界有不少老朋友。他受陈云委托，利用自己的影响，积极向他们宣传党的经济政策，如认购公债、工厂不内迁、全部吸收旧人员等，做了大量的工作，对稳定上海的经济、安定民族资本家，起了重要的作用。
章乃器在8月底回到北京，作为民主建国会的代表出席了9月举行的新政协筹备会第二次会议，并担任《共同纲领》第三起草小组的召集人，负责起草纲领中的经济部分。9月21日中国人民政治协商会议在北京正式召开，章乃器作了题为《新民主主义民族工业家的任务》的发言，作为民族资产阶级的代表人物，他第一个公开提出将来有一天要消灭自己的阶级。10月1日，章乃器参加了开国大典，并出任政务院政务委员、编制委员会主任、政协财经组组长等职。
自10月份起，上海、天津等大城市的纱布、粮食投机活动开始猖獗起来。投机商大量囤积居奇，哄抬物价，带动全国物价大涨。陈云在中共中央的支持下，秘密调集大量的物资，指挥了一场大规模的反击。对于投机资本，章乃器一直是坚决主张打击的，在反击的策略和手段上，他向陈云提出不少有价值的建议并得到采纳。但对于反击的时机上的把握，陈云就比章乃器有城府得多。章乃器曾经十分叹服地描述当时的情形：“在那紧要关头，像我们这班知识分子就难免要犯主观主义的急性病。我那时曾经一再建议早点下手，对市场施用压力。然而，财经工作的负责人（指陈云）却是那样的沉着、坚定，认为依据通货膨胀数量和物资数量的对比，时机尚未成熟。应该再多准备一些实力。同时，不妨再从市场阵地撤退若干步，以便争取主动，进行反攻。事后的检讨告诉我们，这种策略是完全正确的。经济上的反攻从11月中旬开始，以五福布为例，11月13日的行市是每匹12.6万元，比较10月31日的5.5万元，已经涨起一倍多。那就是说，倘使反攻提早半个月，两匹布吸收货币回笼的能力，就抵不了半个月以后的一匹。譬如用兵，在敌人深入到达了于我绝对有利的地形之后，一个师就可以发挥出两个师的力量，就有把握克敌制胜了。”
陈云运筹帷幄，指挥若定，一举打胜了这场建国以来经济战线上的第一次大战役，稳定了全国的物价。毛主席评价这场胜利的意义“不下于淮海战役”。原来曾预言共产党在经济上只能得0分的一位上海工商界著名人士，也改变了看法说：“六月银元风潮，中共是用政治力量压下去的，这次则仅用经济力量就能稳住，是上海工商界所料不到的。”
为配合中共中央和陈云统一财经工作的部署，章乃器在这一时期还写了《统一就是力量，统一就是办法！》、《对于统一财经工作的认识》、《私营行庄何处去？》、《币制稳定后私营工商业怎么办？》等十几篇文章，运用他自己在工商界的影响，宣传新中国的经济政策。