部门垂直掏空基层政府
长期以来，我国大部分政府职能部门实行地方政府和上级部门“双重领导”，即主管部门负责工作业务的“事权”，地方政府负责本级职能部门的“人、财、物”权。在双重领导体制下，地方政府存在以“人、财、物”权影响职能部门“事权”的操作空间，职能部门存在对地方政府的依赖关系。这种双重领导体制容易形成地方保护，妨碍中央政令的畅通。近几年来解决的办法就是上收权力，实行部门的垂直管理。
部门垂直，省、市、县可谓有失也有得，但到了乡镇，则基本掏空了一级政府的实质内容，条块矛盾尖锐。
部门垂直，乡镇成为不完全政府
《中华人民共和国地方各级人民代表大会和地方各级人民政府组织法》规定：乡镇政府具有执行本行政区域内的经济和社会发展计划、预算，管理本行政区域内的经济、教育、科学、文化、卫生、体育事业和财政、民政、公安、司法行政、计划生育等行政工作的职责。从法律层面看，乡镇是我国行政管理体制中一级职权与职能健全的政府。然而现实的情况是，乡镇无权行使《组织法》赋予的上述职权，日益沦为各垂直部门的派出机构。每垂直一个部门，就从乡镇分走一部分功能和权力，部门垂直导致乡镇功能不全，影响经济社会发展，乡镇日益成为“半边政府”和不完全政府。
责任不垂直，乡镇成为无限责任政府。比如从计生、税收、社会治安、环境保护四个一票否决来看，计划生育垂直到县，第一责任人却由乡镇领导担任。按照对计生对象执法的规定，只能采取说服教育，完不成计生任务和目标，乡镇主要负责人或是免职，或是调离。而作为垂直主管的县计生局，却不承担任何责任。
各级税收部门是完全垂直的，乡镇政府没有收税的职权，但每年年初，上级政府都要给乡镇下达国税、地税任务，并按经济社会发展比率逐年递增。为迫使乡镇完成税收任务，乡镇长都要与上级主要负责人签订责任状，完不成任务一票否决。为保乌纱，大多数乡镇只得违规引税、买税，加剧了乡镇负债。
社会治安与环境保护也一样，人、财、物垂直，责任下放，在当前社会矛盾尖锐突出的情况下，让乡镇政府干部有如履薄冰之感。
垂直不完全。一般工商、税务、银行、农电、公安、教育、国土等效益好的部门都垂直；农机、农技、水管、农经、文化、广播等效益不好的都不垂直。乡镇是最低的一级政府，它别无选择，只能充当收容的角色。
垂直放任了垂直部门
缺乏监督。垂直管理后，垂直部门对地方政府不再存在隶属关系，地方政府有求于职能部门，不会主动越权实施监督。由于“天高皇帝远”，群众的监督不易上达，对垂直部门的监督完全依赖于上级监管部门，而上级监管部门的致命弱点就在于监督的非经常性。这种的管理体制，造成了权力的真空，加大了权力滥用的风险。
行政成本剧增。垂直管理前，地方政府可以通过整合资源，集中应对各个时段的中心工作。实行垂直管理后，各垂直单位自成体系，在业务开展和行政执法时，需要与其业务量相当的人力与财力，从而增加了行政成本，浪费了国家资源。
上访日趋严重。比如2007年某镇接待的70人次上访案件中，反映国土所乱收费的占40％，反映电改不到位、电价不统一的占30％，反映家庭纠纷的占30％。在这些上访案件中，镇政府能够调解的只有家庭纠纷，其他都是垂直部门
的问题，均在乡镇的能力范围之外。
改革设想
显然，部门垂直并没有实现制度设计者的初衷。只有革除现行条块管理上的弊端，才能增强乡镇政府推动各项社会事业建设的积极性、主动性和能力，解决乡镇政府“看得见，管不着”的问题。所考虑的改革思路是：l、权责一致的原则。为避免责任不明的现象，要废除双重管理的做法。要按照权责一致的原则，为基层政府提供必要的人、财、物权和事权。2、条块结合的原则。需要条块结合，加强协作，优势互补，功能互惠。3、充实基层的原则。4、精简高效的原则。考虑到实际工作的难度，编制应实行垂直管理。对职能相近的部门要实行裁并。5、属地监督的原则。垂直部门除接受上级主管部门监督外，还应接受属地党委监督、纪委监督、人大评议、新闻监督和社会监督等。对群众意见反映集中的垂直管理部门，属地党委政府有权建议其领导班子进行调整。（摘自《改革内参》）