verubulin衍生物的设计合成及活性评价

杨善鹏, 任童童,王 明, 尹东锋, 王晓锋*

1.新疆军区总医院药剂科,乌鲁木齐 830000;
2.新疆医科大学第五附属医院,乌鲁木齐 830011

verubulin(MPC-6827,Azixa,EP128495,化合物1,见图1)化学名称为N-甲基-2-甲基-4-甲氧基苯胺基喹唑啉,是一种作用于微管蛋白上秋水仙碱结合位点的新型微管聚集抑制剂,通过抑制微管的形成,使肿瘤细胞生长停滞在G2/M期并诱发凋亡,体外对多种肿瘤细胞表现出良好的增殖抑制活性[1-6]。化合物2(见图1)为1的结构衍生物,在体外也表现出良好的生物活性,尤其是解析了2与微管蛋白的复合晶体结构(PDB编码:6BR1),为该类化合物的进一步结构修饰奠定了基础[7]。化合物3(见图1)是DOHLE等[8]报道的另一类作用于秋水仙碱结合位点的新型微管聚集抑制剂,同时也解析了其与微管蛋白的复合晶体结构(PDB编码:5OSK)。通过将6BR1和5OSK进行叠合,并对复合晶体结构中配体构象及与微管蛋白相互作用方式进行分析,我们设想在1的结构中引入类似3中氨基磺酸酯基的基团,由此设计了化合物4a和4b。见图1,对其分别进行了分子对接、化学合成和体外活性评价。

1.1 仪器

磁力搅拌器(德国IKA公司);
RY-Ⅰ型熔点仪(天津市天分分析仪器厂);
JNM-ECA-400型超导核磁共振仪(日本电子株式会社);
Xevo G2-XS QTOF高分辨质谱仪(沃特世公司);
分子模拟软件Discovery Studio 3.0(Accelrys,San Diego,USA)。

1.2 试药

2-甲基-4-氯喹唑啉(质量分数为98%),3-硝基-4-甲氧基苯胺(质量分数为98%),3-苄氧基-4-甲氧基苯胺(质量分数为98%),碘甲烷(质量分数为99%),氢化钠(分散在矿物油中,含量为60%),钯碳(10% Pd, 还原型, 含水约55%),氨基磺酰氯(质量分数为97%),二异丙基乙基胺(质量分数为99.5%),均购自上海泰坦科技有限公司;
无水硫酸钠,氯化钠,N,N-二甲基乙酰胺,四氢呋喃,异丙醇,乙酸乙酯,石油醚,乙醚,硅藻土均为分析纯,均购自新疆安谱实验器材有限公司;
GF254硅胶板和柱层析硅胶(200目),购自青岛海洋化工有限公司。

图1 化合物1~4的结构

1.3 细胞株

人乳腺癌细胞MCF-7购自南京凯基生物科技发展有限公司。

2.1 4a和4b的计算机辅助设计

本文所选用的复合晶体结构数据均来源于Protein Data Bank(www.rcsb.org),编号分别为5OSK和6BR1。蛋白结构准备和分子对接所使用的软件为Discovery Studio 3.0(DS3.0)。

2.1.1蛋白结构5OSK和6BR1的准备和叠合 蛋白结构5OSK和6BR1的预处理[9]:保留晶体结构中1个α、β二聚体及配体小分子和金属离子,并保留5OSK中的水分子615和6BR1中的水分子675,将其余部分删除;利用Prepare Protein模块进行了蛋白结构准备,程序设置中除保留水分子外,其余默认;利用Molecular Overlay模块对准备好的蛋白进行一致性叠合,立体因素和静电因素各按50%概率计算。

叠合发现,二者相似度为0.895,2和3中B环上的甲氧基几近重合,而3中的氨基磺酸酯基诱导氨基酸残基βN349、βK352向其靠近并分别与之形成氢键,显示出额外的相互作用见图2,提示在1中引入类似基团可能会增加其与微管蛋白的相互作用,由此设计了4a和4b,并进行了分子对接。

2.1.24a和4b与蛋白结构5OSK的分子对接 以2.1.1中准备好的5OSK为目标对接蛋白,结合位点是以3为中心、10 Å为半径的球形区域。配体小分子利用Full Minimization模块进行了能量最小化,并添加了Chemistry at Harvard Macromolecular Mechamics(CHARMM)力场。对接利用CDOCKER模块进行,参数按程序默认设置,主要包括随机构象产生、构象优化和模拟退火等。对接结果采用Generalized Born with Molecular Volume(GBMV)溶剂模型计算结合能[9-10]。

注:6BR1和5OSK结构中的氨基酸残基分别用灰色、青色线状图表示,化合物2、3分别用灰色、青色棍状图表示。

首先使用3对对接方法进行了验证,结果显示最优构象与蛋白结构中配体构象的走向基本一致,RMSD值为0.746 Å,结合能为-44.03 kcal·mol-1,提示对接方法效果较好。4a和4b的对接结果提示其与微管蛋白也有较好的结合,结合能分别为-39.08、-33.33 kcal·mol-1。其中4a的结合能更低,新引入的氨基磺酰胺基与原配体中的氨基磺酸酯基走向较为一致,分别与氨基酸残基βN349形成1根氢键、与βK352形成2根氢键,但未像3可另外与αV181、βN349及作为氢键传递的水分子615形成氢键。见图3。

注:氨基酸残基用浅灰色线状图表示;
化合物3和4a分别用青色和橙色棍状图表示;
氢键用绿色虚线表示,氢键的距离<3 Å。

2.2 化学合成

2.2.1化合物的合成及表征 以5和6为原料,通过4步反应合成了目标化合物4。合成路线见图4。

2.2.1.1化合物7a的合成 室温下,将2-甲基-4-氯喹唑啉(5,179 mg,1 mmol)和3-硝基-4-甲氧基苯胺(6a,168 mg,1 mmol)溶于5 mL异丙醇中,加入1滴浓盐酸,然后升温至50 ℃搅拌12 h[11]。冷却至室温,析出固体物,抽滤,用5 mL预先冷至4 ℃的异丙醇洗,真空干燥,得到土黄色固体258 mg,即化合物7a。收率:83%;
熔点:246~248 ℃;
1H NMR(400 MHz,d-DMSO)δ(ppm)9.91(s, 1H),8.60(d,J=2.4 Hz,1H),8.48(d,J=8.0 Hz,1H),8.22(dd,J=9.1, 2.6 Hz, 1H),7.82(dd,J=11.0, 4.0 Hz,1H),7.71(d,J=8.2 Hz, 1H),7.58(dd,J=11.2, 4.0 Hz,1H),7.43(d,J=9.2 Hz, 1H),3.94(s, 3H),2.53(s, 3H);
HR-ESI-MS m/z 311.114 1 [M+H]+(计算值311.113 9, C16H14N4O3)。

2.2.1.2化合物7b的合成 室温下,将2-甲基-4-氯喹唑啉(5,178 mg,1 mmol)和3-苄氧基-4-甲氧基苯胺(6b,229 mg,1 mmol)溶于5 mL异丙醇中,加入1滴浓盐酸,然后升温至50 ℃搅拌12 h。将反应液倒入50 mL冰水中,调pH值至7,析出固体物,抽滤,干燥,得到黄色固体324 mg,即化合物7b。收率:87%;
熔点:233~235 ℃;
1H NMR(400 MHz,d-DMSO) δ(ppm)11.37(brs, 1H),8.78(d,J=9.2 Hz, 1H),8.06(t,J=7.6 Hz, 1H),7.88(d,J=8.0 Hz, 1H),7.81(t,J=8.0 Hz,1H),7.54(d,J=2.0 Hz, 1H),7.47(d,J=7.1 Hz, 2H),7.41(t,J=7.4 Hz, 2H),7.36(d,J=7.1 Hz, 1H),7.31(dd,J=8.7,2.2 Hz,1H),7.09(d,J=8.7 Hz, 1H),5.11(s, 2H),3.83(s, 3H),2.59(s,3H);
HR-ESI-MS m/z 372.1711[M+H]+(计算值372.170 7,C23H21N3O2)。

注:试剂及条件:a.cHCl, i-PrOH,50 ℃,12 h; b.CH3I, NaH (60% in oil),THF, 0 ℃~rt, 2 h; c.i.Pd/C,H2, AcOEt, rt, 12 h; ii. ClSO2NH2, DIPEA (for 4a), DMAc, 0 ℃~rt, 24 h。

2.2.1.3化合物8a的合成 室温下,将2-甲基-4-(3-硝基-4-甲氧基)苯胺基喹唑啉(7a,156 mg,0.5 mmol)溶于5 mL无水四氢呋喃中,冰浴冷却至0 ℃后加入氢化钠(61 mg, 分散在矿物油中,含量为60%,1.5 mmol),搅拌5 min后,加入碘甲烷(143 mg,1 mmol),继续在该温度下搅拌30 min后,升温至室温反应2 h。将反应物倒入50 mL冰水中,析出固体物,抽滤,干燥。粗品经柱色谱分离(乙酸乙酯∶石油醚=1∶1),得到土黄色固体135 mg,即化合物8a。收率:83%;
熔点:98~201 ℃;
1H NMR(400 MHz, CDCl3) δ(ppm)7.83(d,J=8.4 Hz,1H), 7.75(d,J=2.8 Hz, 1H), 7.64~7.57(m,1H),7.23(dd,J=9.2, 2.8 Hz, 1H), 7.08~7.09(m,J=4.7,2H),7.03(d,J=8.8 Hz, 1H),3.98(s, 3H),3.62(s, 3H),2.76(s,3H);
HR-ESI-MS m/z 325.130 2[M+H]+(计算值325.129 5, C17H16N4O3)。

2.2.1.4化合物8b的合成 室温下,将2-甲基-4-(3-苄氧基-4-甲氧基)苯胺基喹唑啉(7b,188 mg,0.5 mmol)溶于5 mL无水四氢呋喃中,冰浴冷却至0 ℃后加入氢化钠(63 mg,分散在矿物油中,含量为60%,1.6 mmol),搅拌5 min后,加入碘甲烷(145 mg,1.0 mmol),继续在该温度下搅拌30 min后,升温至室温反应2 h。将反应物倒入50 mL冰水中,析出固体物,抽滤,干燥。粗品经柱色谱分离(乙酸乙酯∶石油醚=1∶2),得到白色固体176 mg,即化合物8b。收率:91%;
熔点:136~138℃;
1H NMR(400 MHz,CDCl3) δ(ppm)7.78(d,J=7.6 Hz, 1H), 7.57~7.50(m, 1H), 7.39~7.22(m, 5H), 6.91~6.93(m, 2H), 6.86(d,J=8.4 Hz, 1H), 6.71~6.75(m, 2H), 5.06(s, 2H), 3.92(s, 3H), 3.55(s, 3H), 2.73(s, 3H);
HR-ESI-MS m/z 386.186 8[M+H]+(计算值 386.186 3,C24H23N3O2)。

2.2.1.5化合物4a的合成 室温下,将N-甲基2-甲基-4-(3-硝基-4-甲氧基)苯胺基喹唑啉(8a,98 mg,0.3 mmol)溶于15 mL乙酸乙酯中,在氢气氛下加入钯碳(40 mg,10%),搅拌反应12 h。通过硅藻土滤除钯碳,滤液减压蒸干得到固体,即N-甲基-2-甲基-4-(3-氨基-4-甲氧基)苯胺基喹唑啉。室温下,取上述固体(85 mg,0.29 mmol)溶于3 mLN,N-二甲基乙酰胺中,冰浴冷却至0 ℃,依次加入二异丙基乙基胺(101 μL,0.58 mmol)和氨基磺酰氯(67 mg,0.58 mmol),在该温度下搅拌30 min后,升温至室温反应24 h。将反应液倒入40 mL冰水中,用乙酸乙酯萃取3次,每次30 mL,合并有机相,用饱和氯化钠溶液洗,加入无水硫酸钠干燥过夜,减压除去乙酸乙酯,向其中加入10 mL乙醚,剧烈搅拌10 min,倾沘出乙醚后,得到黄色固体物61 mg,即化合物4a[12]。收率:54 %;
熔点:199~201 ℃;
1H NMR(400 MHz,d-DMSO) δ(ppm)8.28(s, 1H), 7.64(d,J=8.4 Hz, 1H), 7.62~7.54(m, 1H), 7.36(d,J=2.4 Hz, 1H), 7.22(s, 2H), 7.02~7.09(m, 2H), 6.98(d,J=8.8 Hz, 1H), 6.79(dd,J=8.8, 2.4 Hz, 1H), 3.82(s, 3H), 3.51(s, 3H), 2.59(s, 3H);
HR-ESI-MS m/z 374.128 8[M+H]+(计算值 374.128 1, C17H19N5O3S)。

2.2.1.6化合物4b的合成 室温下,将N-甲基2-甲基-4-(3-苄氧基-4-甲氧基)苯胺基喹唑啉(8b,135 mg,0.35 mmol)溶于20 mL乙酸乙酯中,然后在氢气氛下加入钯碳(105 mg,10%),搅拌反应12 h。通过硅藻土滤除钯碳,滤液减压蒸干得到固体,即N-甲基-2-甲基-4-(3-羟基-4-甲氧基)苯胺基喹唑啉。室温下,取上述固体(104 mg,0.35 mmol)溶于4 mLN,N-二甲基乙酰胺中,加入氨基磺酰氯(122 mg,1.05 mmol),搅拌,反应24 h。将反应液倒入40 mL冰水中,用乙酸乙酯萃取3次,每次30 mL,合并有机相,用饱和氯化钠溶液洗,加入无水硫酸钠干燥过夜,减压除去乙酸乙酯,向其中加入10 mL乙醚,剧烈搅拌10 min,倾沘出乙醚后,得到白色固体物73 mg,即化合物4b[8]。收率:56%;
熔点:183~185℃;
1H NMR(400 MHz,d-DMSO) δ(ppm)8.00(s, 2H), 7.74~7.55(m, 2H), 7.23(d,J=2.8 Hz, 1H), 7.09~7.18(m, 3H), 7.03(d,J=8.4 Hz, 1H), 3.82(s, 3H), 3.52(s, 3H), 2.60(s, 3H);
HR-ESI-MS m/z 375.112 8 [M+H]+(计算值 375.112 2, C17H18N4O4S)。

2.3 体外MCF-7肿瘤细胞增殖抑制活性筛选

取处于对数生长期的人乳腺癌MCF-7细胞接种于96孔板中,密度为1×104cells·孔-1,每孔加入100 μL细胞悬液,空白组不加细胞培养基,四周边孔中加入PBS防止边缘效应。37 ℃下培养24 h后弃去上清液,空白组和对照组各加入100 μL不含药物的培养基,实验组分别加入质量浓度100 μg·mL-1倍比浓度梯度稀释的100 μL含阳性药、4a和4b的培养基,每组设定5个复孔。继续培养48 h后,弃去上清液,每孔加入10 μL的CCK8溶液,培养4 h后,除去上清液,用酶标仪测定492 nm处的吸光度值,计算细胞生长抑制率。根据药物浓度与抑制率作图,计算GI50值,实验平行3次[13-16]。阳性药为1。

经测定,4a和4b均有较好的体外肿瘤细胞增殖抑制活性,其中4a的活性略强于4b,但均较1有所降低,见表1。

2.4 体外微管蛋白聚集抑制活性筛选

利用循环离心法制备的猪脑微管蛋白进行活性测试[17-18]。将不同浓度的药物与微管蛋白孵化后,在冰浴下加入GDP,然后转移到0 ℃的比色杯中,随后升温至37 ℃,测定该过程中340 nm下的吸光度值。与对照组比较,计算出不同药物浓度下的抑制率。然后根据药物浓度与抑制率作图,计算IC50值,实验平行2次。阳性药为CA-4。

经实验测定,4a和4b都表现出了一定的微管聚集抑制活性,其中4a的活性是4b的6倍多,但显著低于1和CA-4,见表1。

表1 4a、4b抑制MCF-7细胞增殖的GI50值、抑制微管聚集的IC50值和ClgP值

本实验通过将2、3与微管蛋白的复合晶体结构进行叠合,利用“拼合”策略设计了1的结构衍生物4a和4b,并通过亲核取代、甲基化、还原和磺酰化4步反应对目标化合物进行了合成,总收率分别为37%、44%,目标化合物及中间体结构经1H-NMR和HR-ESI-MS确证。

在MCF-7细胞增殖抑制活性评价中,4a和4b显示出较强的活性,仅略弱于1,达到了次纳摩尔水平。但是,在微管聚集抑制实验中,4a和4b均未显示出预期的活性,尤其是4b仅表现出非常弱的微管聚集抑制活性。分析靶标活性和细胞活性不一致的可能原因[19]:一是新引入的基团可能改变了化合物与微管蛋白的结合方式,降低了与微管蛋白的亲和力,从而导致微管聚集抑制活性下降,但是仍不能排除化合物作用于微管蛋白后会导致的其他效应;
二是化合物可能作用于其他未知靶标,需要进行细胞周期阻滞、肿瘤信号通路阻滞方面的研究。4a和4b表现出较好的肿瘤细胞增殖抑制活性,可能与化合物类药性改变有关。文献报道的1及其衍生物多表现出脂溶性较强的特点[5],通过在结构中引入新的基团,降低了化合物的脂溶性使lgP值位于“理想”区间(见表1)[20],促使化合物更易进入细胞或在细胞中积聚。

总之,本研究在1的结构中引入氨基磺酰基或氨基磺酸酯基,尽管会降低化合物的微管聚集抑制活性,但是肿瘤细胞增殖抑制活性得到基本保持,并改善了类药性,可为相关微管聚集抑制剂的结构修饰提供借鉴。

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