混合斑中精子细胞DNA,的自动化批量提取*

柯永庆 袁 红 汤志成 石尖

(东莞市公安局刑警支队,广东 东莞523008)

在法医DNA 检验工作中,混合斑中精子细胞的分离一直是DNA 检验工作中的重点和难点。目前,实验室常用的方法主要有差异裂解法、滤膜法、细胞分选法、免疫磁珠法[1]等,这些方法均需要手工进行处理,分型成功率很大程度受检验人员的经验、水平等主观因素影响,且耗时较长,需要实验人员全程跟踪进行操作,难以实现批量化的提取纯化。随着全自动核酸提取工作站的投入使用,利用工作站实现对混合斑中精子细胞DNA 的全自动化批量提取,将有助于提高工作效率。

1.1 样本

日常受理的案件中,各类疑似混合斑检材241 份,依据 《GA/T766-2020 人精液 PSA 检测金标试剂条法》进行检验,结果为阳性(含弱阳性)88例、结果为阴性153例,如表1所示。

表1 检材类型和数量

1.2 主要仪器和试剂

X-Pure 96 Plus 硅磁一体微量DNA 提取定量工作站(广州高盛)、混合精斑DNA 磁珠纯化试剂盒(8/16/24 人份,广州高盛)、Power⁃Plex®18 System 扩增试剂盒 (Promega 公司,美国)、ABI Veriti 型扩增仪(AB 公司,美国)、ABI 3500XL 型全自动荧光分析仪(AB 公司,美国)。

1.3 精子细胞DNA的分离提取

剪取适量检材放入“混合精斑DNA 磁珠纯化试剂盒”中专用裂解板的相应孔位,每孔加入TNE 溶液450uL,插入人精液PSA 检测金标试剂条,待获得结果后将试剂条丢弃,随后每孔手工加入SDS 溶液40uL、PK 溶液40uL。将该装有检材和试剂的专用裂解板以及“混合精斑DNA 磁珠纯化试剂盒”中的其他相关耗材放入“X-Pure 96 Plus 硅磁一体微量DNA 提取定量工作站”相应指定位置,启动工作站,设定洗脱体系为50uL,自动运行3.5h 获得精子细胞DNA模板和女性成分DNA模板。

1.4 STR复合扩增及分析

使 用 PowerPlex®18D System 试 剂 盒 在 ABI Veriti 型扩增仪(AB 公司,美国)上扩增。反应总体系10uL,其中DNA 模板2uL、Primer Pair Mix 2uL、Master Mix 2uL、纯水4uL。扩增循环次数为28 次,用3500XL 分析仪(AB 公司,美国)对扩增产物进行毛细管电泳分离,使用GeneMarker Forensic V1.9 软件进行数据分析。

2.1 检验结果

依据行业标准《人类DNA 荧光标记STR 分型结果的分型及应用》(GA/T 1163-2014)相关要求,峰高大于100 相对荧光单位,检出17 个以上STR 基因座和Amelogenin 基因座标记为检出,检验结果如表2、表3所示。

表2 PSA为阳性(含弱阳性)检材检验结果

表3 PSA为阴性检材检验结果

从表2可看出,88例PSA 为阳性(含弱阳性)的检材中,检出单一男性分型有56 例,约占63.6%;
检出混合分型有23例,约占26.1%;
未检出分型的有9 例,约占10.2%。其中,对23例检出混合分型的检材采取手工提取纯化,21例仍检出混合分型,约占91.3%;
1 例未检出分型,约占4.3%;
1 例检出单一男性分型,约占4.3%。对9 例未检出分型的检材采取手工提取纯化,8 例仍未检出分型,约占88.9%;
1 例检出分型,约占11.1%。

从表3 可看出,153 例PSA 为阴性的检材中,检出单一男性分型有16 例,约占10.5%;
检出混合分型有8 例,约占5.2%;
未检出分型有129 例,约占84.3%。其中,对8 例检出混合分型的检材采取手工提取纯化,7 例检出仍检出混合分型,占87.5%;
1 例检出单一分型,占12.5%。未对129 例未检出分型的样本进行再次检验。

2.2 讨论

2.2.1 方法的选择

混合精斑的提取纯化,目前实验室主要采用的方法主要有差异裂解法、滤膜法、免疫磁珠法、细胞分选法等,其各自的优缺点如表4所示,因成本等客观问题,免疫磁珠法、细胞分选法较少运用于实验室检验。

表4 常见提取方法的优缺点

差异裂解法作为提取实验室常用方法,有着成本低廉的优点,且对条件较好的混合斑检材能够有效去除女性成分,获得男性的准确分型。但对于微量、陈旧或精子相对含量较少的检材,可能因消化不完全或者过度消化,导致精子DNA 损失。精子细胞一般头部长3.0~5.0µm、宽2.0~3.0µm、厚1~2µm,尾部长40~60µm[2]。利用孔径为1µm的硝酸纤维素膜,根据分子筛原理,当消化后的混合液体流经内管后,未被消化的精子细胞经过滤被拦截在尼龙膜内,女性上皮细胞DNA 成分溶液穿过尼龙膜进入外套管内,从而达到物理分离精子细胞的目的。

精子细胞膜富含硫醇蛋白,需在二硫苏糖醇(dithiothreitol,DTT)、β-巯基乙醇等还原剂的作用下才能打开其中的二硫键,从而破膜释放DNA。结合差异裂解法和滤膜法特点,采取“多重裂解滤膜的方法”(见图1)。利用独特配方的裂解液(能彻底消化精子外细胞且不损伤精子细胞)将混合斑中的精子团裂解分离成单精子细胞,采用特殊孔径滤膜,可以有效截留精子,去除非目标残余DNA 的干扰,从而提高精子回收率,并避免了消化不完全或者过度消化导致的精子DNA损失。

图1 多重裂解滤膜法

女性阴道分泌物成分复杂,往往混有大量女性白带物质和肠道细菌等,其中有些成分是扩增抑制物,利用磁珠不吸附除DNA 外的其他杂质,既实现对精斑DNA 的半定量,又去除了PCR 抑制物的干扰作用,从而获得DNA 的优化分型[3]。

综上所述,利用混合精斑全自动提取试剂盒(8/16/24 人份)在X-Pure 96 Plus 硅磁一体微量DNA 提取定量工作站可实现批量化全自动提取,基本实现无需进行手工操作和人工干预跟踪,实验效果与手工提取大致相同,极大地提高了工作效率。

2.2.2 存在不足及改进方向

从图1 可直观看出,多重裂解滤膜法在整个实验过程中,检材载体一直没有去除,最终与截留的精子细胞一同进行裂解,该做法可保证精子细胞不会丢失,提高了男性DNA 的检出率,但由于没有丢弃检材载体,导致检材载体上的女性成分消化不完全,导致检出混合分型的概率大大提高。实验表明,混合斑中男女比例达到1∶100 时,即使是经过改进的裂解法,其成功率也只有20%[4]。从表2 中可以看出:采取多重裂解滤膜方法,PSA 为阳性(含弱阳性)的检材检出男女混合的概率为26%。下一步实验需要注意以下几点,一是通过优化实验步骤,实现在实验过程中丢弃已分离精子细胞的检材载体,从而提高检出单一的概率;
二是通过优化试剂,使试剂更温和有效,实现完全消化女性成分的同时不会导致精子细胞DNA 的丢失;
三是通过优化实验模块,实现由全自动工作站进行PSA 确认实验,进一步提高工作效率。

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