8月4日至5日，来自祖国大陆，台湾，港澳和海外的两岸问题专家学者汇聚江苏南京，围绕“两岸关系和平发展的机遇与挑战”这一主题，进行了深入而广泛的探讨。 从1991年开始，由全国台湾研究会，中华全国台湾同胞联谊会和中国社会科举院台湾研究所联合举办的海峡两岸关系学术研讨会已连续举办了18届，18年来，作为海内外涉台研究学者交流思想，凝聚共识的重要平台，每届会议都产生了许多真知灼见，对促进两岸关系发展产生了重要的积极影响。
本届会议上。近百位专家学者济济一堂，本着对国家统一大业高度负责的精神和严谨求实的学术态度，通过大会发言和小组讨论的形式，从政治，经济，社会，文化以及国际因素，两岸民意等多个角度，针对两岸关系的现状和发展前景畅所欲言，充分发表了自己的意见和建议。
去年以来，在两岸同胞的共同努力下，两岸关系实现了历史性转折，取得了突破性进展，步入和平发展的轨道。与会者普遍认为，当前两岸关系和平发展的基础日渐稳固，氛围日趋浓厚。条件日益具备。但同时也应看到，两岸关系的发展还面临许多困难和障碍，不少复杂和敏感问题有待逐步解决。尽管存在阻力和消极因素，但改善和发展两岸关系是人心所向、大势所趋，两岸关系和平发展是历史前进的正确方向。
全国台湾研究会副秘书长杨立宪表示，现阶段两岸关系将沿着既定的路线暨国共两党2005年达成的关于和平发展五项共同愿景指引的方向，在2008年以来两岸良性互动达成的互信与取得成果的基础上继续前进，她说，在各种复杂因素的相互激荡与作用下，两岸立即统一的条件不具备，放弃统一目标违背中华民族的整体利益及全民族的心愿，因循守旧墨守陈规没有出路，唯有面对现实寻求和平发展双赢或多赢才是明智正确的抉择。
中国社会科学院台湾研究所研究员刘国奋在题为《两岸关系新局面的影响与问题之探析》的论文中说，自2005年以来，两岸以党际交流为发端，逐步开创出和平发展的新局面。国民党重新执政后，两岸在“九二共识”的基础上使这一局面得以确立，两岸关系进入全面，高速发展期，由此带来的影响是多方面的，包括两岸经济相互依赖的加强，民进党内要求检讨大陆政策的声音浮现等，而目前岛内民众对两岸经贸文化，民间交流的赞成和参与，一时还难以减弱其对“台湾主体意识”的认同，“台湾主体意识”在岛内仍占上风。
上海台湾研究所副所长倪永杰表示，两岸关系和平发展要紧紧围绕“和”与“同”两大主轴，着力培养两岸共同利益，形塑共同价值，加快两岸一体化进程，建设两岸经济，文化，社会直至政治的共同体，最后迈向两岸统合的最高境界。他说，构建两岸共同利益的途径很多，但不变的原则就是让更多的台湾同胞参与到两岸事务中来，让更多的台湾同胞分享两岸关系和平发展的成果，勿让少数人，少数集团垄断了两岸发展的利益。
同样来自社科院台研所的彭维学研究员认为，两岸在一些重大敏感议题上存在结构性矛盾，如台当局政治定位，台湾国际空间，军事互信等，如果不能解决或解决不好，将影响两岸关系和平发展的进程。岛内民意“去中趋台”的态势没有改变，甚至出现“统消独长”的反常现象，显示争取台湾民心仍是一项艰巨的任务，而美日等西方反华势力“以台制华”战略的推行、民进党仍有可能“东山再起”，都是两岸关系和平发展的重大隐忧，我们对两岸关系和平发展的长期性和复杂性必须有充分准备。
胡锦涛总书记去年12月31日在纪念《告台湾同胞书》发表30周年座谈会上发表重要讲话，全面系统地阐述了两岸关系和平发展的思想，提出了推动两岸关系和平发展的六点意见，也是本次研讨会的讨论焦点。与会者一致认为，讲话对于推动和实现两岸关系和平发展具有重要的理论和实践指导意义，将对未来两岸关系的和平发展产生深远影响。
北京联合大学台湾研究院院长刘红在向大会提交的论文中写道，“12・31”讲话承先启后，继往开来，在总结前30年对台工作经验基础上，根据两岸关系的新实践新形势新要求，站在历史新起点和时代新高度，作为对台论述的重大理论创新，发展了大陆提出的一系列对台方针政策，构建起对台理论，思想和政策的完整体系，丰富了我党和平统一祖国的思想和理论宝库，已经成为两岸关系和平发展的指导纲领。
来自北京联合大学台湾研究院两岸关系研究所的胡文生表示，如何尽早建立两岸关系和平发展的架构，为两岸关系和平发展提供制度保障，是一个十分迫切的时代课题。而针对这一课题，“六点意见”提出了具体的解决办法和实现路径。他认为，“六点意见”找到了两岸共存共荣，共创双赢的途径，勾画了两岸关系和平发展的蓝图，其出发点和落脚点是为了实现中华民族的伟大复兴，增进两岸同胞的共同福祉。
天津社会科学院东北亚研究所研究员姚同发说，“12-31”讲话的精髓要旨在于中华民族的伟大复兴和中华文化的薪火相传，这是实现两岸关系和平发展的两大主轴。他并从这个角度出发提出了若干具体建议，包括两岸要共同实施中华文化工程，尽早启动两岸“和平论坛”，定期举办两岸文化艺术节和文艺交流研讨会，设立两岸文化交流基金和“中华文化奖”，等等。
香港特区政府中央政策组高级研究主任凌友诗，也特别赞同胡锦涛在“12-31”讲话中强调要弘扬中华文化，加强精神纽带。她说，两岸共有的中华文化是两岸人民“剪不断”的精神纽带。加强两岸经贸合作固然十分重要，但两岸如果要进一步融合，还需要加强文化教育领域的交流，共同继承和弘扬中华优秀传统文化，努力维护共同的民族意识和文化意识。发展，增进了两岸同胞的福祉，也为两岸关系发展注八强动动力。多位与会者指出，国际金融危机既对两岸经济造成了巨大冲击，但也提供了两岸进一步合作发展、互利双赢的新机遇。在两岸关系发展的新形势下，要继续扩大和深化两岸经济交流与合作；在实现两岸经济关系正常化的基础上，尽快推动实现两岸经济关系制度化。为两岸关系和平发展奠定更为扎实的物质基础。
中国社会科学院台湾研究所经济研究室副主任朱磊说，台湾经济“全球布局”的核心是两岸经济关系，在“后三通”时代，两岸经济关系发展可能产生三种效应(即新产业集群，新市场和新商机)，并对台湾出口产品产生三种影响(即竞争力提高，地区结构优化和产品结构改善)，最终为台湾经济走出困境，重新起飞创造有利条件。他还说，因政府调控及时，措施有力，在扩大内需的带动下，大陆在2009年第一季度就出现经济回暖的积极变化，大陆经济的良好表现将通过贸易，投资，股市等传导机制带动台湾经济化危为机。
南开大学台湾经济研究所所长曹小衡在题为《后金融危机时期两岸经济走向及合作研究》的论文中指出，台湾为摆脱金融危机的冲击迫切需要引进陆资，大陆企业也需要寻找新的发展空间。借此契机，两岸单向投资的非均衡局面有望改变，陆资赴台有望成为两岸经济往来的新热点和两岸经济合作的新形式，他说，两岸经济合作还有望实现由面向国际市场的“外向型”，转为面向大陆或两岸市场的“内外并重型”；由传统制造业合作向传统产业与高科技产业，现代服务业合作并重转型。
针对台湾方面积极推动与大陆洽签两岸经济合作架构协议(ECFA)的问题，台湾义守大学通识教育中心副教授李铭义的分析提到，台湾当局的主要考虑是两岸经济合作可使台湾免遭经济被边缘化，同时将大陆纳入其“全球布局”之中，通过两岸联结实现台湾经贸投资国际化的目的。他认为，台湾与大陆签署ECFA的最大意涵是将两岸经贸关系正常化。 浦东台湾经济研究中心副主任盛九元认为，通过商谈两岸经济合作协议，两岸将得以深化产业合作，推动产业升级，增强国际竞争力；同时可建立起有效的争端解决机制，共同处理两岸经济合作中的问题，并积极参与东亚地区经济整合，更好地应对国际金融危机的冲击。他说，从当前两岸经济发展情势与台湾关系总体走势分析，建立两岸经济合作机制有着很强的现实性，经济上的紧迫性和政治上的可行性，是推动形成两岸关系平和平发展总体框架的经济化过程。
未来的两岸关系发展，要继续遵循先易后难，先经后政的原则，但这并不意味着刘意回避复杂和敏感问题。部分与会者提出。双方要禾雨绸缪，前瞻性地思考如何把握和对待两岸之间存在已久的矛盾和分歧，为最终破解这些难题积累共识、创遣条件。为此，双方应不断巩固和深化彼此间的政治互信，确保两岸关系和平发展行稳致远；不断探讨和实践消除两岸政治对立的路径和方法，为两岸关系的和平发展汇聚力量。
台湾大学政治系名誉教授张麟征指出，两岸关系虽然峰回路转，但目前的和谐是建立在双方都有意求同存异，以及大陆的刻意配合“迁就”下。不过“迁就”有限度，不能损及一中原则，她比喻说，两岸在核心政治议题上的歧见就像丑媳妇，总有一天要见公婆，两岸关系中最大的难题还是认同问题，她呼吁两岸当局和民间采取更多积极作为，来重塑台湾人的中国认同，以利两岸关系的长远发展。
天津市台湾研究会秘书长邵宝明在题为《增进双方政治互信，开创两岸关系和平发展新局面》的论文中提到，一年多来两岸关系发展取得的一系列重要成果，无一不是两岸建立和增进政治互信的结果。展望未来，两岸关系如欲寻求进一步的发展，巩固和增进双方的政治互信尤为重要，坚持大陆和台湾同属一个中国，反对“台独”是关键所在。
全国政协委员，全国台湾研究会常务理事乐美真说，两岸政治分歧虽然始终存在，但化解和结束两岸政治对立的路径已渐明朗，逐步解决两岸关系中历史遗留的问题和发展过程中产生的新问题，已有了良好的开端。他建议，两岸要捐弃前嫌，团结一致向前看，在两岸交流商谈，初步经济合作中“聚同化异”，建立和积累互信与共识。两岸还可就国家尚未统一特殊情况下的政治关系展开务实探讨，先易后难地启动两岸军事安全互信协商。
台湾“两岸统合学会”顾问戴瑞明认为，两岸关系要想继续维持和平发展势头，就迟早要签订结束敌对状态的和平协议。到时候，双方对当前主权暨相互定位的争议终将浮上台面，必须对各说各话的“一个中国”问题，找出能为双方均能接受的解决方案。他提出建立“主权可以分享，治权可以共管”的观念，而两岸在国际上也可以做到“相互尊重，合作互助”。
上海国际问题研究院台港澳研究所所长严安林在对两岸政治定位问题进行系统回顾的基础上，提出了解决该问题的若干思考。他认为，两岸政治定位只能限于两岸之间，不适用于国际社会中，包括国际关系与国际组织，国际活动等。在国际上由中华人民共和国政府作为中国的代表的事实已经确立，两岸间的政治定位不适用于国际场合。
台湾铭传大学公共事务系教授杨开煌表示，如今两岸的经济关系态势基本已是不可逆转，胡锦涛(在会见吴伯雄时)就两岸关系又提出“欲穷千里目，更上一层楼”的呼吁，是进一步把两岸关系引向政治关系的塑造，他说，经济议题的主动原本就是被政治议题的主动所引导，这是不可回避的，台湾方面必须体悟到这一点，并及早进行内部的意见整合。
此外，本届研讨会上，学者们触及的话题还有岛内统“独”矛盾的变化，马英九当局的两岸政策，民进党的发展动向及其大陆政策走向，加强两岸农业交流合作等，两天的紧张研讨，大家激荡脑力，交流思想，为推动两岸关系和平发展竭智尽能，献计献策，使会议取得了丰硕成果。
研讨之中，大家既有共识，也有不同的意见，但都能基于相互尊重，相互学习的求实精神，进行理性坦率的对话，造就了良好的学术研讨气氛，正如台湾“中国文化大学”中山与中国大陆研究所所长邵宗海所言，我们的会议是老中青三代同堂，但是没有“代沟”，有不同意见的表达，但没有无谓的争论。
邵宗海进一步说，全场最高的共识就是，大家一定要真诚的沟通，对于不同的看法，都要给予包容和理解。这也是西方常说的“agree to disagree(留同存异)”。在两岸关系沿着和平发展道路前进的时刻，我们特别需要这种宽广的胸襟。