20世纪50年代，北大校长马寅初对我国人口问题的研究，是北京大学人文社会科学研究获得的重大成果。他撰写的《新人口论》一文，是理论联系实际、解决重大现实问题的典范之作。 “新人口论”的提出
为研究人口问题，马寅初曾多次去浙江调查，以掌握全省人口问题的详细资料。他还了解江西、山东等省的人口情况和问题。惊人的人口增长速度，使他深切认识到，人口问题是关系中华民族前途和命运的头等大事。他满怀强烈的责任感和紧迫感，提出“要控制人口增长”。
1957年3月2日，马寅初在最高国务会议上的发言，得到毛泽东的赞赏。毛泽东说，人口是不是可以搞成有计划的生产，这是一种设想。这一条马寅老讲得好，今天讲得好哇!我跟他是同志。从前他的意见百花齐放没有放出来。准备放就是人家反对，就是不要他讲，今天算是畅所欲言了。
马寅初听了毛泽东的这番肯定他见解的话，深感党和国家领导人开始重视控制人口问题。他在会见外宾和接受记者访谈时，更加满怀信心畅谈他对控制我国人口问题的真知灼见。
1957年4月27日，马寅初自己贴出海报，要在北京大学发表关于人口问题的演讲。这是他在新中国成立后第一次公开作学术演讲。76岁高龄的马寅初，用大量具体的调查数字和生动有趣的事例，阐述他对人口问题的见解和主张。他主张在实行计划经济的同时，必须实行计划生育，控制人口增长。
1957年6月，马寅初将这个演讲稿整理成《新人口论》，先写成书面发言，作为一项提案，提交一届全国人大四次会议，然后以题为《新人口论》一文发表在7月5日的《人民日报》上。文章强调：“控制人口，实属刻不容缓，不然的话，日后的问题益形棘手，愈难解决。”在《新人口论》一文中，马寅初还批判了马尔萨斯的反动人口理论，阐明《新人口论》与马尔萨斯主义有本质的区别。
马寅初的《新人口论》—文发表时，正当“反右派”斗争的政治风暴席卷全国，不久就受到错误批判。在“反右派”斗争中，有人曾主张把马寅初划为“右派”。中央统战部负责人为此特向周恩来汇报。周恩来明确指出：“马寅初这个^，有骨气，有正义感，是爱国的。他是我国有名的经济学家，国内外都有影响，不能划为‘右派’。”由于周恩来坚决制止，马寅初才幸免一劫。
意想不到的批判
1958年5月4日，是北京大学校庆60周年。在庆祝大会上，陈伯达突然点了马寅初的名，说什么“马老要作检讨”。他的话给北大的节日气氛笼罩了一层乌云。
同年7月1日，号称“理论权威”的康生给北大师生作报告。他睨视坐在主席台上的马寅初，阴阳怪气地对台下师生说：“听说你们北大出了个《新人口论》，作者也姓马。这是哪家的马啊!是马克思的马吗?是马尔萨斯的马吗?我看是马尔萨斯的马。”从此，马寅初被打成“中国的马尔萨斯”。
1958年，北京大学校刊和学报连续发表18篇批判马寅初的文章。同时，《文汇报》《北京日报》《新建设》《经济日报》等全国性报刊，也发表了60篇批判马寅初的文章。文章上纲上线越来越高，形成了全国性讨伐马寅初的高潮。
面对批判文章，马寅初既不气馁，也不苟同，而是抱着实事求是的态度，仔细阅读那些批判文章。看到有分析、有说服力的批评，他高兴地对秘书说，这里补充得很对，我没有想到这一点，并请秘书摘录下来。对那些谩骂、攻击的批判文章，他就起而进行针锋相对的论战。1959年，马寅初连续写了十多篇说理的文章，在《北京大学学报》《新建设》《光明日报》等报刊上发表。
1959年12月，马寅初在《新建设》杂志上发表《重申我的请求》一文写道：“我接受《光明日报》开辟一个战场的挑战书，这个挑战是很合理的，我当敬谨拜受。我虽年近八十，明知寡不敌众，自当单身匹马，出来应战，直至战死为止，决不向专以力压服、不以理服人的那种批判者投降。”
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马寅初《重申我的请求》一文还没发表，同年12月15日就转到康生手中，于是，康生竟直接插手，亲自部署批判马寅初。康生对北大当时的领导说：“马寅初最近很猖狂，给《新建设》写《重申我的请求》，猖狂进攻。他的问题已不是学术问题，而是借学术为名，搞右派进攻。要对他进行彻底揭发、批判，把大字报一直贴到马寅初的门上去。我们不发动，如群众有贴是右派(的大字报)也可以。他的校长是不能当了。”康生还说：“要像批判帝国主义分子艾奇逊那样来批马寅初。”
在康生指使和煽动下，从1959年12月24日至1960年1月中旬，北京大学掀起了全校规模的批判马寅初的高潮。几千张大字报铺天盖地贴满北大校园，马寅初在校内的住宅也贴满了批判大字报。全校性批判大会召开了三次，还精心策划了一次200人参加的面对面批判会。校内外各种报刊又发表了83篇批判马寅初的文章。这些所谓批判文章诬蔑马寅初的《新人口论》是“马尔萨斯主义在中国的翻版”，是“反对社会主义革命和社会主义建设”，等等。甚至恶毒攻击马寅初“历史上几十年一贯反对党、反对社会主义、反对马克思列宁主义”。
虽然批判马寅初的恶浪日益高涨，但是对他的新人口理论却批不倒、压不服。他始终坚持认为：“中国人口问题是一个特殊问题，需要深入调查、分析和研究，要用大量的有关资料，来立自己观点，不能凭教条来压服别人。”为了坚持真理，为了学术尊严，为了国家的前途和人民的利益，马寅初一再声明：“不怕坐牢，不怕油锅炸，即使牺牲自己的生命也在所不惜。”
1960年1月4日，马寅初被迫向教育部打报告辞去北京大学校长职务。他还准备请浙江省撤销他的人大代表资格。
中共十一届三中全会后，马寅初在政治上和学术上都获得了彻底平反。1979年，97岁高龄的马寅初，荣任北京大学第一位名誉校长。1993年，马寅初被追授“首届中华民族人口特别奖”。
周总理关怀老朋友
在马寅初一生中，经历了那么多的坎坷，仍然健康地生活到了高龄，这是人生的一大幸事。1972年4月，经北京医院检查，确诊91岁高龄的马老患了直肠癌。马老的家属坚持要求手术治疗，于是联名向国务院写了报告。报告很快送到周恩来办公室，当晚，周恩来批示：“本人有动手术要求，家属又坚持手术，医院应当从手术着想，组织会诊。议后望告。”